《四圣心源》阐发《内经》、《难经》、《伤寒论》、《金匮要略》诸书蕴义。卷一天人解；卷二六气解；卷三脉法解；卷四劳伤解；卷五至卷七杂病解；卷八七窍解；卷九疮疡解；卷十妇人解。是一部包括中医基本理论和部分临床医学的综合性著作。

1749年(乾隆十四年，己巳)，春节过后，黄元御按自己的“之”字治学方法，从黄帝、岐伯、张仲景和秦越人的医学观点出发，撰写一部进一步阐明《伤寒论》内在含义的著作。这种治学方法，非常有效，所以他很快起草出《四圣悬枢》的初稿，着重分析了“温疫痘疹之义”。从二月开始著述《四圣心源》，对“四圣”的临床见解和治法、方药等各个方面进行全面系统地论述。但拟出提纲，作出要目后，因为有事而隔断了。他在后来回忆这个写作的开端的想法时说：“医有黄帝、岐伯、越人，仲景，四圣之事，争光日月，人亡代革，薪火无传。玉楸子悯后世作者不达其意，既解《伤寒》、《金匮》，乃于己巳二月作《四圣心源》. 《四圣心源》充分反映出黄元御的学术思想特征和医学实践经验。

他的学术思想源于“四圣”，对脏府病理、生理的认识，重视脾胃中气的升降合宜。他指出：“人与天地相参也。阴阳肇基，爰有祖气，祖气者，人之太极也。”“祖气之内，含抱阴阳，阴阳之间，是谓中气。中者，土也，土分戊己，中气左旋，则为己土，中气右转，则为戊土。戊土为胃，己土为脾。”他认为脏气的升降功能都取决于中气，因此，主张“中气之治”。

他认为湿、寒是诸多病证发病和病机的重要因素，因此治疗方面着眼于“中土”，制方常以泄水补火，扶阳抑阴为大法。他指出：“四维之病，悉因于中气。中气者，和济水火之机，升降金木之轴，道家谓之黄婆。”“胃主降浊，脾主升清，湿则中气不运，升降反作，清阳下陷，浊阴上逆，人之衰老病死，莫不由此。以故，医家之药，首在中气。中气在二土之交，土生于火而火死于水，火盛则土燥，水盛则土湿。泻水补火，扶阳抑阴，使中气轮转，清浊复位，却病延年之法，莫妙于此矣。”

《四圣心源》续成后，黄元御回顾此书的写作过程，从1749年二月开始，到1752年完稿，前后四年的时间内，没有安排过专门的撰著时间，也没有著述出一套完整的书稿来。虽然以往多是穷愁的境遇，但可惜的是放走了一些闲暇的时间。尽管皇帝赐以“妙悟岐黄”称誉，十分器重自己，但是自己却不能依赖皇恩不思进取。自己能在医学研究上做出有益贡献的时间已经有限了，应该严格要求自己，抓紧时间，完成对“四圣”典籍的注释和阐述。