《针灸秘验》共分为上、下两卷。上卷主要阐述了针灸六要、选穴准则、配穴纲要、针刺手技、灸法要诀、针具妙用、鼻针疗法；下卷则是介绍了有关病位分部（七十八种病证）的针灸疗法，内科疾病、外科疾病、妇科疾病、儿科疾病等八十余种病证的临证治验。