· 基础理论阐述
中医学基础理论的阐述两种。其中《生命宇宙篇》采用近现代科学理论阐释《易经》中的河图；力图揭示出人体内部各种生理活动的机理；进而探讨宇宙万物同人类的深层关系。《原理论》主要取法传统医典《内经》，但却用现代唯物思想阐发阴阳五行理论，进而探讨外在环境和自然天气变化对人体生理病理的影响。从这两种著作中透露出彭子益探讨现代科学理论与传统中医理论之契合点的思维理路。
对传统中医处方和医案的整理、辨析四种。《古方基础篇》总结了六种治疗处方的标准方法；《时方汤头改错篇》审定了传统的《汤头歌诀》中的错误；《医案读法篇》系统整理了古代各著名医师的医案；《注释王孟英医案》则化难为易，通俗简明地对王案进行了解释。这四种著作辨析精微，毫发毕现，有正本清源之效。
· 阐发和解释
对传统中医典籍的阐发和解释有三种。《伤寒论六经原文读法篇》、《伤寒方解篇》和《金匮方解篇》采用一种整体性观照的方式对重要医典进行疏理阐发，揭示出各书的内在脉络。行方主次清晰，注解精省明白。实在为後世医家指出了一条准确把握《伤寒论》和《金匮》两书精华的有效途径。
· 治疗方法总结
对传统中医治疗经验和基本治疗方法的总结有七种：《温病本气篇》、《时病本气篇》、《儿病本气篇》、《杂病治法篇》、《脉法篇》、《舌苔篇》和《药性提纲篇》。这七种著述仔细辨析了各种疾病的起因、症状差异和根治途径；采用系统性的眼光归纳各种诊断方法和治疗方法。其中的种种结论大多经过彭子益亲身从医实践的检验。正如史料记载中所说：“先生之治病也，诊脉处方，详记医案，以究效验，求理论与实践相吻合。”这种可贵的科学求实精神确乎贯穿了彭子益的一生，成为激发他的医学灵感的最大催化剂。
彭子益在大半生的医疗实践和医学理论探索中，最终准确地把握到了中国传统医学的精髓--一种对症下药、辨证施治的根本治疗原则；一种宏观着眼，微观着手的系统性思维方法；一种追根溯源，实事求是的科学精神。