黄竹斋是一位中医文献学家，文献学功力深厚。擅长于考证集注，深谙版本、目录、音韵、校勘、注疏之学。做学问非常认真，著作《伤寒杂病论集注》曾“稿经四易，时历八年”，首刊于1925年。在印行两次 《孙思邈传》后，经大量增补，1936年又刊印第三版。该书获得颇高评价，中央国医馆馆长焦易堂作序说“能自出心裁，发前人所未发”。谢利恒更谓该书“据生理之新说，释六经之病源，贯穿中西，精纯渊博，可谓集伤寒学说之大成，诚医林之鸿宝也”。 《针灸经穴图考》是他的另一力作。作者取《内经》 、 《难经》 、 《甲乙经》为主，参考唐宋以降诸家有关针灸论述，撷精删芜，正讹补缺，“成书八卷，都凡正经十四，气穴三百六十有五，奇穴拾遗若干附焉”。经穴图谱以正常人体点穴摄影，制为铜版刊印。不但对每个穴位进行考证，而且在每穴之后列其主治证候及医案，冠以针灸要法，从而为临床应用和科学研究提供了可贵的参考资料。本书亦以考据精实，广征博引而获广泛称誉。

黄竹斋有关中国医学史的著述中，以《医圣张仲景传》最负盛名。 《后汉书》 、 《三国志》等正史均未为仲景立传，黄竹斋广搜博采，于1924年撰著《医圣张仲景传》，首载于1925年《伤寒杂病论集注》第一版卷首。赴南阳、宁波等地考察后，再作修订增损，1948年所撰《伤寒杂病论会通》印行时，又将增订本列于该书“卷首”（解放后已有单行本）。全传虽仅8000余字，但内容之赅备，资料之丰富，为现存记载仲景史事者所不及。对张仲景生平籍里，任长沙太守等史事提出考证和看法。这一传记及其所撰《祝告医圣文》 ，现已刻石立于南阳医圣祠。

此外还有《孙思邈传》 、《中华医学学术发明于三皇说》、《陕西医家圣贤考》、《关中历代名医传》、《秦越人事迹考》、《医学源流歌》等。黄竹斋热爱祖国医药文化，他主张将医史学列为医学生的必修课，认为这可使学生了解医学学术渊源及其发展规律，表彰前辈医家功绩，更重要的是进行爱国主义教育。

民国时期经过抗争，中医教育的合法权利有所改善。但如何开办中医学校，专业设置以及与之相关的课程、学术整理、统一病名、师资、教材等问题，远未提上中央国医馆的议事日程。黄竹斋对此非常关注，提出许多深有见地的主张。 1934年1月他提出《审查统一病名草案意见书》和《审查病理学意见书》，主要内容是：反对一味依傍西医病名，认为应以中医病名为主，反映中医特点；认为有关草案所列内科疾病，未列证候，且所列者牵强之处甚多；病理学所列病名及证论，全系抄袭西医学说，对中医固有理论毫无阐发。这些意见在今天也是相当正确的。

1935年，国难方殷，侵华日军己逼近华北。有识之士认识到中医的振兴绝不应是中西医门户之争，而是与民族存亡密切相关的大事。黄竹斋即慷慨陈词：“吾国医药学术之兴废，与民族之存亡国计之盈绌实有重大密切的关系”。他同时主张吸取西方现代医学之长，指出：“溯自清道光鸦片战后，海禁大开，欧风东渐，西洋医学传入中华，其生理解剖学说堪以纠正唐宋以后医书脏腑形状之错误。……今得西哲学说参互考正，而古代医经精微奥妙之义理乃克彰明，有裨于吾国医学实非浅斟”。

1943年西安筹设“西京中医专科学校”，校董事会推举黄竹斋为校长，黄竹斋在复函中提出了该校教学计划以及解决校舍、实习基地、实验和图书设备等具体建议。并指出教学内容要吸取现代科学成就，并预言：“将来必有中西医贯通之日”。有关课程设置除与前述类同者外，还特别提出“德、智、体”教育，其中提到《易经》等中国古代哲学、医师修养学、医学国文、医学天文、医学地理、医学数学、医政学、医史学以及中国武术、体操等课程，表明他希望在进行扎实的专业训练的同时，还应使学生有广泛的文化知识结构和医德素养。他的许多设想在当时确属难能可贵。

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