秦伯未对《内经》研究素深，享有“秦内经”之称。他认为学习中医应从《内经》入手，掌握其辨证论治规律。辨证论治是中医的诊疗精髓，从认识证候到给予恰当治疗，包含着完整的极其丰富的知识和经验。通过毕生的钻研，他逐渐形成了辨证论治的“三位一体”观，即辨证论治的意义、法则和方法。所谓辨证论治的意义：辨，就是分析、鉴别。证，就是症状、现象。论，就是讨论、考虑。治就是治法、治疗方针。证和治是现实的，辨和论是灵活的，要通过分析和思考。他把辨证论治的基本法则分为病因辨证法则和脏腑辨证法则两大类。在临床过程中，病因往往不是一个，病位也可能涉及若干，如果能从一团乱麻中理出一个头绪，这就是辨证论治的关键。
秦伯未认为西医的诊断有时有助于对某些疾病的性质、发展和转归的认识。因此，他在临床实践中，多参考西医的诊断，而以中医理论为指导进行辨证论治，常收到很好的疗效。他认为，西医诊断只是作为参考，而不能受其束缚，要有信心和勇气使用中医的理法方药去治疗，不宜失去中医之根本。中医治疗西医诊断的疾病，要想取得疗效，关键在于必须运用中医的理论为指导，细致观察，不能忽视中医辨证的依据，要有严肃的科学态度。他的这些认识，至今仍具有非常重要的指导意义。例如，他在治疗西医诊断的神经衰弱疾患中，就是根据中医理论来分析其临床表现，总结出其发病机制主要在肝，病性有虚、实、虚实夹杂的不同，从而确定了14种基本治疗方法，临床疗效满意。
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