1951年的一天，一辆苏联制造的高级黑色轿车停到了北京土儿胡同的一处四合院前，走下汽车的是时任卫生部副部长兼中央保健局局长的傅连璋。由于毛泽东主席偶感风寒，发烧已一周多，傅连璋特地上门请孔伯华出诊。
傅连璋带着孔伯华及其子孔嗣伯走进双清别墅，径直来到毛主席的卧室。毛主席正斜躺在床上看书，见孔伯华进来，忙伸出手相握，说：“早闻孔老大名，您是孔子多少代孙呀？”孔伯华回答：“第74代。”“好啊，不为良相，便为良医，您创办的北平国医学院，为我国中医事业做了很大贡献！”第一次见毛主席，孔伯华没有想到毛主席竟对自己这么了解，不由心中暗暗叹服。
诊病之后，孔伯华口授了一个药方，药量是两到三服，吃过两服，再看效果。结果毛主席吃完两服后效果甚佳，连忙委托傅连璋给孔伯华打电话，希望孔伯华能再来诊治。
二进双清别墅时，孔伯华在凉亭内与毛主席就中医的现状与发展做了深谈。孔伯华表示，中医是老祖宗留下来的宝贵遗产，可是在西医的冲击下越来越不受重视，他希望国家从中医教育入手来振兴中医。毛主席非常同意孔伯华对中医的见解，明确表示新中国绝对不会丢弃中医这样的国粹，并希望他能拿出切实可行的实施方案。
回到家中，孔伯华难以抑制心中兴奋，连夜提笔给毛主席写了一封信，信中写道：“医之活人，何分中西，存心一也，但其理法不同。今逢毛主席洞察其旨，发扬数千年之文化，何幸如之。愿努力发挥，以期理法臻于完善，达于全球，使病者有所依，必先从教育人才始。”
毛主席收到这封信后，很快批示给周恩来总理，建议周总理找机会与孔伯华谈一下。周总理将孔伯华请进中南海，再次表明了毛主席的支持态度，并表示政府正在筹备教学大纲，成立新中国的中医学院。听到这个消息，孔伯华表示愿意把自己创办北平国医学院的有关办学资料献给国家，以资借鉴。周总理说：“好啊，您老年纪大了，不能出任院长，还可以当顾问嘛！”
1955年3月10日，年已古稀的孔伯华出诊途中突感不适，从此一病不起。其间，周总理派人送来野山参，令孔伯华深受感动，常夜阑执笔，写下《时斋医话》留存于世。同年11月23日，孔伯华立临终遗嘱：“儿孙弟子，凡从我学业者，以后要各尽全力，为人民很好服务，以承我未竟之志。”孔伯华去世后，周总理亲往其寓所吊唁，并就相关事宜安排卫生部郭子化、吕炳奎做了妥善安排。
1956年，在党和政府的高度重视下，四所高等中医院校分别在北京、上海、成都、广州创办，成为新中国中医教育之始，孔伯华等老一辈医家的夙愿得以实现。
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