五行学说之研究60年代初，有学者在哲学领域上对古代的五行学说持否定态度，认为是简单的循环论和机械论，这些观点亦直接影响中医的教学界，有人主张在教学上废弃中医的五行学说。如何对待这一学术争鸣？邓铁涛以唯物史观和唯物辩证法为准绳，涉猎《周易》、《尚书·洪范》以及先秦诸子有关学说，结合历代医家理论及自己的体会，认为中医五行学说来源于古代哲学，但又不是古代哲学，因为它与中医临床相结合，经过历代医家的发挥，已成为中医理论体系不可缺少的核心之一。

1962年11月16日，邓铁涛在《光明日报》“哲学”版上发表了题为《中医五行学说的辩证法因素》一文，指出中医的五行学说主要落实在藏象学说中，脏腑配五行，是经过无数医疗实践提炼出来的。反映了中医把人体的功能归纳为五大系统（五脏），内外环境都与这五大系统联系起来，并用五行生克关系表达五大系统的互相依存，互相制约的关系，用以解释生理、病理现象，指导诊断、治疗与预防。通过该文，邓铁涛肯定了中医五行学说具有朴素的辩证法因素。

1975年，邓铁涛就其研究心得，又发表了《再论中医五行学说的辩证法因素》，指出：中医五行学说不等同于古代哲学上的五行学说，后世中医的五行学说，也不完全等同于秦汉以前医学的五行学说，它在中医学中有一个发展过程。它所概括的生克制化关系，实质是脏腑组织器官之间，人与环境之间，体内各个调节系统促进和抑制之间的关系，五行学说指导临床治疗过程，实质是使人体遭到破坏的内稳态恢复正常的过程。从而肯定了五行学说随着医学历史的发展，不断丰富其辩证法因素。进一步指出这一学说值得研究和发扬。

邓铁涛认为，中医学之发展，必须与时代各种最先进的自然科学与社会科学相结合。在此同时，中医学本身首先要把原有的宝藏来一次大整理，使中医的理论更加系统化、规范化。“阴阳五行学说”一直是中医理论的核心之一，但“五行学说”在古代哲学上唯心主义者运用得较多，只有中医学之五行学说一直与医学之唯物辩证法相结合。而我国学术界对此了解甚少，因此一直怀疑中医理论的科学性。日本的汉方就不信中医的五行学说。如何向科技界展示中医五行学说之精华——相互联系的辩证法思想？邓铁涛迫切地感到应对五行学说加以发展，赋于它现代系统论的内容。1988年，他在《广州中医学院学报》第2期发表了《略论五脏相关取代五行学说》，指出五行学说的精髓是强调以五脏为中心的脏腑组织之间，人与外环境之间等相互促进，相互抑制关系，主要是五脏相关关系。并提出用五脏相关说取代五行学说，指出五脏相关说提取、继承了五行学说之精华，并赋予它现代系统论内容，是五行学说的发展方向。心主神明论的新认识有人提出到底是脑主神明还是心主神明？其实质是怀疑中医“藏象”学说的科学性。邓铁涛认为，所谓“藏象”，就是心、肝、脾、肺、肾5个脏的宏观现象，是中医运用阴阳五行学说对人体功能加以归纳的五大系统，这一学说是中医通过几千年的治疗与预防疾病的观察而升华为理论的。对其不能以西医的解剖生理学来衡量与理解，只有用当今的系统论、控制论、信息论才能理解中医的藏象学说的科学性，才有可能发现藏象学说的奥秘。他在70年代就认为心脏不单是个血泵的作用，心脏一定有内分泌物质足以调节大脑的作用。当西医学者研究发现肺脏除了呼吸功能之外还有“非呼吸功能”（即肺还是机体很多内分泌素产生、释放、激活及灭活的主要场所），从而证明了藏象学说的“肺主治节”理论的科学性之后，他更坚定了自己的看法。1983年3月24日，世界第一个植入人工心脏患者死亡后，外电引述了为克拉克植入人工心脏的外科医生德夫里斯的话说：“虽然塑料心脏不断泵血，但克拉克的血管变得松弛无力，发生膨胀，他的循环系统不能保持把带氧的血推向全身器官所需要的压力。他的结肠功能丧失了，接着他的肾功能丧失了，然后大脑功能丧失了。”邓铁涛对这一报道十分重视，他估计，心脏被置换之后，“心激素”的分泌停止了，当肺脏代替心的部分功能维持超过了一定的限度，“心激素”在体内的储存用尽之时，生命便终止了，并指出要使人工心脏能长期显效，必须寻找心脏的内分泌素。他于1983年4月发表了《心主神明论》，文中指出，中医把心藏血脉与主神明合一起来，是把循环系统与高级神经活动合起来都归属于心。提出心脏这个实质器官，不仅只具有血泵的机械作用，它一定还有能作用于大脑的内分泌物的假设。并预言：当人工心脏的使用扩大之时，就会发现心脏的内分泌物质的存在及其重要性，从而将证明“心主神明”论的科学性。1984年，世界医学界便有学者报道发现心脏有内分泌素。

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