刘树农治学对《内经》钻研颇深，尤其推崇《灵枢》，而对《难经》则认为其弊多于利，有些方面甚至将中医的理论引入歧途。刘氏博学强记，被誉为“活字典”。在学术上勤于思考和探索，绝不人云亦云。他治学严谨，曾多次引用顾亭林的话“凡著书立说，必为前人所未言而为后人所必需者”以告诫后学。
刘氏从事临床医疗及医学教育长达65年，兼通医理与哲理。勤于思考，悟出了中医学的三大规律。即：⑴生理活动规律——阴平阳秘（消而不偏衰，长而不偏亢；相生相制，自动调节）。⑵病理变化规律——邪正斗争（内出之病多不足，外入之病多有余等）。⑶中医临床学规律——辨证论治（识别阴阳，审证求因；祛邪以安正，扶正以祛邪；同病异治，异病同治）。刘氏强调通法祛邪在久病治疗中的作用，善于化解古方，突破陈规，扩大古方应用范围，用以治疗多种疑难病、常见病。如用《千金》紫圆治疗眩晕，用《金匮》当归芍药散治疗妇女经漏等，均获得满意效果。还非常重视“血气”的生理和病理，擅长运用活血化瘀法治疗多种慢性病、难治病，如慢性肝病、久泻、咳喘、心血管疾病等，积累不少宝贵的经验。
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