17岁随堂伯父刘小泉学医，后又从师淮安名医应金台。民国九年（1920年），开始独立行医，先后担任淮安江北慈幼院、淮安育婴堂和治淮工程处的义务医师。民国二十五年，刘树农为唐生智治愈了顽疾，被唐奉为上宾并成为唐生智的私人医生。抗日战争时期，随唐生智来往于长沙、武汉、昆明等地。
他放弃可以升迁发财的机会，只求凭借医术为平民服务。民国二十八年后，刘树农借故取道河内、香港抵沪，在上海定居挂牌行医。1951年，刘树农受聘为上海公私合营银行管理处和一家药厂的医药顾问。1952年，担任上海市卫生工作者协会静安区分会副秘书，参加上海市中医学习西医进修班学习。1954年，受上海市中医学会委托，评审中医中药治疗血吸虫病的著作稿件；后受著名中医程门雪的委托，整理历代医籍中有关沙虱致病理论和治疗的文献资料，撰写治疗血吸虫病论文多篇。
1956年上海中医学院成立，刘树农应聘任教，担任院务委员会委员、金匮教研组主任，后历任内科教研组、名家学说教研组组长、中医文献资料研究室主任。主持编写和讲授《金匮要略》、《中医内科学》、《中医名家学说》等。1978年，任教授并任上海中医研究所顾问。此后多次参加全国性学术会议和中医科技研究成果鉴定，并担任上海中医学院学术委员会委员和自然辩证法研究会副主任。1980年，开始带研究生，培养了中国第一批中医硕士。1985年，刘树农加入中国共产党，同年9月病逝。刘树农不仅医术精湛，而且医德高尚。其主要著作均收录在《刘树农医记选》中，共48篇32万字。
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