沈仲圭主张理论与实践相结合，伤寒与温病相统一。他说，读书是掌握理论知识，临证是运用理论指导实践。没有基本理论作为实践的根本，辄尔悬壶，以人命为尝试，则难免误诊误治。反之，有了一定的理论而没有实践经验，纸上谈兵，也易误事。理论与实践是一个反复循环、不断提高的过程，要不断总结临床经验，包括失败的教训。医学理论必须时时和临床相印证，体会才能深刻。如他认为《温病条辨?上焦篇》十八条所云“温毒咽痛喉肿，耳前后肿，颊肿，面正赤，或喉不痛但外肿，甚则耳聋，俗名大头温、虾蟆温者，普济消毒饮去柴胡、升麻主之。初起一、二日，再去芩连，三、四日加之佳”一句，吴氏用普济消毒饮为何如此加减？盖因病在上焦，故减去升麻、柴胡升提之品；发病一、二日去大苦大寒之芩连，以免引邪入里；三、四日后内热之邪转盛，再加入芩连以清内热。总之，理论学习的目的在于提高临床疗效。
沈仲圭认为伤寒、温病本是一体，不应另立门户。温病学说是在《内经》、《难经》、《伤寒论》的基础上发展起来的，既能补充《伤寒论》的不足，又与《伤寒论》互为补充，使外感病的治疗更为完善。
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