孙一奎(1522—1619年)，明代著名中医学家。字文垣，号东宿，别号生生子。安徽休宁人。生活于明嘉靖万历年间。为汪石山的再传弟子。孙氏自幼聪颖，好学勤求，为寻师访友，曾远历湘赣江浙等地，广询博采，访问名贤，探冥搜奇，经三十年，不但为人治病多验，而且在学术理论上颇有建树，尤其对命门、三焦等理论研究，均有个人见地，为人决死生多能效验，临证投剂屡起沉疴，学验俱丰，故名噪当时。
· 学术内容
1.论三焦相火
三焦外有经而内无形 三焦之说，一直是学术上争议的问题。其说首先见于《素问·灵兰秘典论》说：“三焦者，决渎之官，水道出焉。”《灵枢·五癃津液别论》说：“三焦出气，以温分肉”。《营卫生会》又说：“上焦如雾，中焦如沤，下焦如渎。”提出了三焦的功能。在《灵枢·本脏》篇又有“密理厚皮者，三焦膀胱厚；粗理薄皮者，三焦膀胱薄。疏腠理者，三焦膀胱缓；皮急而无毫毛者，三焦膀胱急；毫毛粗而美者，三焦膀胱直；稀毫毛者，三焦膀胱结”。提出了三焦有厚、薄、缓、急、直、结的形状。而在《难经。三十八难》却说：三焦“为原气之别使，主持诸气，有名而无形，其经属于少阳，此外府也。”一者提出了三焦有形，一者提出了三焦无形，因而引起了后世医家对三焦形质的争议。
孙一奎对此进行阐发，他同意三焦有名无形之说，并提出了自己的观点。他说：或曰，子以《难经》三焦无形之言为是，{灵枢·本脏》篇论三焦者，皆谓有厚、薄、缓、急、直、结、纵横?惟其有形，乃有此语。余曰：《本脏》篇论三焦者，非特为三焦有物如是也。厚、薄、直、结、缓、急语，为膀胱而言也。合通篇脏腑配应而观，其义自见。据五脏各有一腑为应，三焦为孤府，又为外府，又为中渎之府。按渎者，水也。膀胱为津液之府，亦水也。三焦之为决渎之官，膀胱之用也。又为肾伺原气之使，以其无形；故附膀胱而言之。何以然?黄帝曰：愿闻六府之应。岐伯曰：肾合三焦膀胱，三焦膀胱者，腠理毫毛其应。密理厚皮者，三焦膀胱厚；粗理薄皮者，三焦膀胱薄；疏腠理者，三焦膀胱缓；皮急而无毫毛者，三焦膀胱急；毫毛美而粗者，三焦膀胱直；稀毫毛者，三焦膀胱结也。三焦原非五行正府，而无所应，故称外府、孤府，因帝以六府之应为问。三焦既为膀胱之用，原气之使，故以膀胱合而应之，以答六府之应如此也。又《本输》篇曰：肾合膀胱，膀胱者，津液之府也。此五脏五腑五行正配合者也，水道出焉，属膀胱，是孤之府也，是六府之所与合者。合二篇观之，三焦属肾与膀胱，故附膀胱而言，非为三焦有物如是也，《论勇》篇之纵横，及诸篇言有形者，多类此。或曰：三焦既无形如此，何《气府}篇有少阳脉气所发者三十二穴?《缪刺》篇有少阳之络?《经脉》篇有三焦少阳之脉?《经别》篇有少阳心主之正?《经筋》篇有少阳心主之筋?《卫气》篇有少阳心主之本?《阴阳二十五人》篇言手少阳之上，血气盛则眉美而长等语，似涉有形，今日无形，然则，彼皆非耶?余曰：所谓有形者，指其经依附各属经络而流贯者也。盖手少阳乃十二经中之一经，其动脉原有起止，亦有脉络、经筋、俞穴出入相应，以经络乎上中下一身也，非谓无其经脉，而虚作一气看也。因有此经，故有此病。云无形者，指其府也，以其无特形，·故称外府。若独指其经脉起止、俞穴主病等语，便谓是有形之府，不思奇经中如冲、任、督等脉，皆有起止，亦皆主病，冲为血海，任主胞胎，有形之说，不必辨而其缪自明矣。这一段论述的基本观点有三：一、三焦属六腑，在五脏肝、心、脾、肺、肾与胆、小肠、胃、大肠、膀胱互有相配，三焦无形，只能依附膀胱，而称之为外府与孤府；二、三焦原非正府，外无所应，《内经》提出的腠理毫毛之应是属膀胱之所应，三焦附于膀胱，故亦与腠理毫毛相应；三、经脉之中虽有手少阳三焦经，但它只是与冲、任、督、带诸经脉一样，是属于没有本经的有形脏腑可言的经脉，不能以经络的存在便认为三焦有形。孙氏的这些观点，为《难经》的三焦无形说提出了理论根据。
2.三焦相火说
《脉诀》一书中，曾记有命门配三焦属相火之说，赵献可等医家亦认为命门内寄相火。孙一奎对此提出异议，他明确提出： “命门不得为相火，三焦不与命门配。”他接受了朱震亨“相火沦”的观点，认为"三焦、包络为相火”。三焦属腑，包络届脏，它们之间不同于其他五脏与五腑的关系。孙氏认为：三焦为气父、为表；包络为血母、为里。二者俱属手经，相为表里。盖包络上归于心，心主血脉，又属六脏之一，属阴，故为血母，为里；三焦主持诸气，为气化之通路，属六腑之一，属阳，故为表。正因为二者一主气，一主血，二者配合，协调一身之气血，主持一身气血之运行，故对人体生命活动的维持起着重要作用。孙氏虽认为三焦不与命门相配，但命门却是“三焦之原”，即三焦内寄之相火，始于命门的原气，出于上焦，为原气之别使。孙一奎引证《难经本旨》之说以论三焦的作用：“所谓三焦者，于膈膜脂膏之内，五脏六腑之隙，水谷流行之关，其气融会于其间，熏蒸膈膜，发达皮肤、肌肉，运行四旁，曰上中下，各随鄙份所属而名之，虽尤其实，合内外之实而为位者也”。“营卫出于三焦，而所以营于中，卫于外，大气搏于胸中以行呼吸。使脏腑各司其职，而四肢百骸奠安者，孰非相火斡旋之功哉”。孙氏引用《难经本旨》和自己阐发的这段文字，只是表明三焦有主持人体内外上下诸气运行的作用，这些功能正足以表明三焦内寄相火。
3.论命门动气
命门为人体生命之本，首见于《难经》，提出了其功用为“诸精神之所舍，元气之所系，男子以藏精，女子以系胞”。该理论至明代有了进一步发展，其中孙一奎作出了重要贡献。
首先，孙一奎认为《难经》之说值得重视，故其对命门的认识，基本与《难经》相一致。他认为：“夫二五之精，妙合而凝，男女未判，而先生两肾，如豆子果实，出土时两办分开，而中间所生之根蒂，内含一点真元，以为生生不息之机，命曰动气，又曰原气，禀于有生之初，从无而有，此原气者，即太极之本体也。名动气者，盖动则生，亦阳之动也，此太极之用所以行也。两肾，静物也，静则化，亦阴之静也，此太极之体所以立也。动静无间；阳变阴合，而生水、火、木、金、土也，其斯命门之谓欤。”这一段论述的中心意思是命门内含原气，与《难经》认为命门为“原气之所系”相一致。不过孙氏对其进行更深入的探讨，其论点为：一、原气来源于先天，由父母之精相合而化生，在胎儿孕育期间即已经存在，所谓“男女未判，而先生两肾”即是此意；二、此原气是人体生命活动的根本动力，所谓“生生不息之机”，孙氏在文中举豆子果实为例，将原气比为豆办中之根蒂，有此根蒂才可以生根发芽、开花结果，有此原气则五脏六腑相继而成，有了人体生长发育之机；三、原气即人体的太极之本体，所谓太极，是从《周易》而来，《系辞》曾说：“易有太极，是生两仪，两仪生四象，四象生八卦。”而后周敦颐著有太极图说，认为宇宙自然界，先无极而后太极，太极而后阴阳，太极的哲学概念是指原始混沌之气，指阴阳未分之前的混元一气，是阴阳之根。孙氏以太极来比喻原气，是说明原气乃是人体阴阳之本，是生命之本原。故孙氏总结命门之功用时说： “命门乃两肾中间之动气，非水非火，乃造化之枢纽，阴阳之根蒂，即先天之太极，五行由此而生，脏腑相继以成。”
孙一奎不同意命门内寄相火。他认为《难经》中仅提出命门藏精系胞、舍精神、系原气的作用，而并未提及命门相火。后世医家有人提出了命门内寄相火、命门属相火的认识，认为心与命门，千主君火，一主相火。孙氏认为此说不妥。盖命门在两肾之间，有如《周易》之坎卦，坎卦的卦象为三，是一阳居于二阴之中，——代表阴爻，——代表阳爻，两肾属坎中之阴，命门属坎中之阳，因此，命门渭之阳则可，谓之火则不当。孙氏说：“如彼谓一阳居于二阴之间，无乃指一阳为火耶?然则，离以一阴居二阳之间，又作何说也。坎中之阳，即两肾中间动气，谓之阳则可，谓之火则不可。”这里，孙氏以离卦来印证坎卦，因为离卦居于南方，火属离卦，而其卦象为三，系一阴陷于二阳之中，既然火的卦象有阴爻又有阳爻，而命门居两肾之间，有如坎卦内的阳爻，故只能称作阳，不能称作火。
关于命门属阳属火、是内寄相火还是为人身动气的问题，是中医学基本理论的一个争论点。对此应有一个正确的认识。盖言命门属阳者，是从命门与两肾之间的关系而言，因为命门与两肾，肾主水属阴，命门内寄相火属阳，可以认为命门属阳者有其理论根据与意义。言命门属火者，是从两个方面来考虑的，其一、以火与水代表阳与阴，因为两肾主水为阴，命门为阳则属火，这个火的含义与阴阳中的阳是相一致的；其二、命门的功用为人体生命活动的动力来源，称之为相火，强调其与君火共同为人体牛命活动的主要根源，与《内经》所称的“少火”是一个含义，从这一角度出发，这种认识亦是为了说明命门的作用与肾命之间的关系，亦有道理。至于命门相火与动气之说，表面看来是从火与气的不同角度来阐发，其实二者之间并无本质上的区别。气是人体生命活动的基本物质与动力来源，而相火的含义亦是人身之动气，朱震亨曾说：“火内阴而外阳，主乎动者也，凡动皆属于火”，亦强凋了其是人体的动力来源，亦含有物质性与功能性两个方面的内涵。故尔，相火的内涵与气是一致的，只不过气是对精血而言，而火是对水而言，从不同的角度提出的不同名词，所以二者均有其根据与道理，并无本质上的区别，应当结合起来认识则更臻于全面。
孙氏论命门，不仅对其功用加以阐发，对命门的位置亦提出自己的观点，他认为命门居于两肾之间，但并不是一个具有形质的脏器，所以既无动脉之形诊，又无经络之所指。其次，他认为命门的位置，虽在于两肾之间，即命门穴所在之处，但仅仅是肾间动气之所在，是一种生生不息、造化之枢机而已。对有的医家以《内经》“七节之傍，中有小心”句下，杨上善注称“脊有三七二十一节，肾在下七节之傍，肾神曰志”，后人称此“志心”当为命门，孙氏有不同的看法。他认为《内经》的“七节之下”应当从脊上往下数，故此“志心”当是心包络而不是命门，并认为《内经》有“桴鼓不浮，上控志心”之说，王冰有“心气不足”的解释以为佐证。孙一奎的这一观点，虽与一些医家看法不一，但后世对此并未十分重视，这是因为在中医学里，重视命门的作用，而对其位置因与临床应用关系较小，故忽略而不予重视的缘故。
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