王清任从少年时期开始学医，由于学习刻苦，他很快就精通了医学理论，医术也很高明。他开过药铺，对许多药物的性味、功用都很熟悉。王清任根据自己丰富的实践经验，对疾病的病因、病理有独到的见解。他认为：许多病是由于血液流通不畅引起的。血液不流畅，淤积在某个器官或血管里，就影响了这个部位周围组织的生理功能，引起疾病。根据这种“血淤致病”的学说，他研究处一些方剂，除上面说到的“通窍活血汤”外，还有“血府逐淤汤”、“膈下逐淤汤”等，都很有效。
他认为人的脏腑结构对医疗非常重要，认为“治病不明脏腑，何异于盲人夜行”，认为古医书中关于人体记述错误不少。他多次到疫病暴死者乱葬岗中和死刑场观察人体内脏结构，于1830年著成《医林改错》，附图25幅，他首先记载了人体腔由膈膜分为胸、腹两腔，而非古书图中所给两个隔膜，三个体腔——三焦。又改正了古图中肺有六叶两耳二十四管的错误，“肺有左、右两大叶，肺外皮实无透窍，亦无行气的24孔。”认为肝有四叶，胆附于肝右第二叶，纠正了古图肝为七叶的错误。关于胰腺、胆管、幽门括约肌、肠系膜等的描绘更符合实际。对心脏左、右颈总动脉的分布，由于系在尸体所见，误认为动脉为行气的管道。他精辟地论证了思维产生于脑而不在心。“两耳通脑，所听之声归于脑，……两目系如线，长于脑，所见之物归于脑，……鼻通于脑，所闻香臭归于脑……”这些看法都与现代解剖学及生理学看法相近。在临床医学上以活血化瘀为治疗原则，其所立活血化瘀方剂至今仍为中医临床广泛采用。
王清任的著作为《医林改错》，这是一部几百年来令医学界争论不休的书。书中主要阐述了两各方面的观点。他认为前世许多医书的讲法不正确，须改正，故书名便为《医林改错》；另一主要内容主要表明了他对人体气血的一个特殊的认识。他认为气与血皆为人体生命的源泉，但同时也是致病因素。不论外感内伤，对于人体的损伤，皆伤于气血而非脏腑。气有虚实：实为邪实，虚为正虚；血有亏瘀，亏为失血，瘀为阻滞。他认为瘀血是由于正气虚，推动无力造成的，故血瘀证皆属虚中夹实。故而他倡导“补气活血”和“逐瘀活血”两大法则，这就是他的著名的“瘀血说”。
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