鸦片战争之后，西方文化潮水般地涌入我国，西医学亦是其中的一支主流，使中医学的传统地位受到了很大的冲击，在中医界内部引起强烈的反响。
作为一个一心希望祖国医学繁荣昌盛的热血青年，陈邦贤对当时中医学术的状况深感忧虑。1910年他致函丁福保，流露出他不满足于中医学原有理论的思想：“贤幼时喜习医书……十年来，每有暇，咸涉猎医书，兼研究普通生理卫生学，每叹内难诸书，谬误者多”。他认为注《内经》者于马莳之后，名则以经注经，实则不过摭拾古人之唾余，几无创新。他“久思将素灵一书，举其与新说相吻合者，逐条解释，沟通会合，溶冶一炉。其谬误者，则订正之”。以此为目的，他辑成《中西汇通素灵摘要》一书。他认为“此作虽不敢称之为中西汇通专书，然自问于国粹之保存，似不无稍有所禅助焉”。此作深得丁福保之赞赏，可以说，这是陈邦贤早年学术思想之代表作。在这一学术思想的指导下，他以“函授新医学讲习社最优等毕业”之名义，在镇江举办“西医传习所”，呼吁医学界及早猛省，习西医以为抵制外人在我国四处开办医院掠夺国人之生命权。他认为中医“与其将来受彼取缔，听彼排斥，何如我今日先习西医之学术，尽彼之长，出我旧有中医之学问，以补其缺，中西毕贯，既不至于固步自封，自可免于天演淘汰”。他强调“创办西医传习所，非扬西而抑中，实求新而补旧。……借西方之鸿宝，保东国之粹言”。与此同时，他还发起成立“中西医学会课社”等学术团体，以文会友，以研究中西医学，交换知识为宗旨。凡有志于学习中西医学者均可参加，无需交费，其优胜奖品来自捐赠。可见陈邦贤热心于学术交流，传播西医知识，完全出自于发扬中医学术之意志，出自于抵制帝国主义文化侵略之目的。
陈邦贤的第一、二版《中国医学史》以及1949年前40年间发表的大量论文，基本上都是在“保存国粹”思想指导下发表的。他歌颂中国古代医学的成就，也担忧西医传入后之发展对中医的冲击。他承认西医的科学性，也不甘心中医被排斥、取缔或淘汰。他坚信中医是科学的，也承认中医有非科学的内容。这一切，他都赞成通过汇通中西医学术来解决。
然而由于时代的局限，陈邦贤虽有满腔发展中医的热情，但未能找到正确的道路。在他的中西汇通的工作中，有时不免以西医为标准来衡量中医，因而陷入新的迷茫。中华人民共和国建立后，他对中国共产党和人民政府关于“团结中西医”的方针政策表现出发自内心的喜悦和敬佩之情。他在1957年出版的第三版《中国医学史》中，删掉了《新医学蓬勃发展》一章。因为1936年出版的该章内容较为片面地颂扬了西医学在中国的蓬勃发展，而对中医界图生存的斗争却未详述其理由和根据，对余云岫废除中医的提案未予以批评。虽然书中并没有明确表示自己的观点，但倾向性还是显然存在的。这一删节，说明陈邦贤对中医学的学术思想有了更为深刻的认识与更为正确的评价。与此同时，他还发表论文，严肃认真地进行自我批评：“就是我个人研究中国医学史，也受了资产阶级思想的影响，认为祖国医学是历史性的东西，阴阳五行是玄谬的理论，而把历史中所证明的中医中药数千年来治病救人的疗效，未能及时发扬……这是我个人应作深刻的自我批判的”。此后，他为继承和发扬中国医药学的遗产，进行着不懈的努力。
· 提出医史学
1945年，陈邦贤提出了“医史学”这一概念，并对医学史与医史学的异同作了清晰的说明。他强调：“研究医学进展的过程，叫做医学史。更研究其文化、学术、政治、社会、经济等背景，叫做医史学。中国人应知人类和社会进化的史迹，研究医学者，更应当知道中国医学的变迁及其进化之理由”。“明白现在关于医学各重要事象的由来，其由来既明，则于未来问题的推索和解决都有把握。其价值亦即在此”。至此，他不仅仅开阔了医史研究的范畴，并进一步明确了医史学的任务在于总结历史经验，更好地了解现在，以利于预见未来。这与今天医史研究的主导思想也是一致的。
为了更好地了解探索中医学术发展演变的规律性，陈邦贤非常注重对中医学术流派的研究。远在1914年，他就发表了《与袁君桂生讨论医学流派书》一文，就医学流派之产生，学派之定义，研究之方法和意义等，发表了自己的见解。他列举大量实例指出：学派与发明是不同的。发明指成就而言，而学派则可能有优点，也可能有缺点。学派有以人名为主体，有以地名为主体，有以时代为主体，有以学科名词为主体。他认为学以愈磋而愈明，识以愈辩而愈博。因而提倡研究医学史上的学术流派，及流派之间的学术争鸣，分析其历史作用和现实意义。
陈邦贤从事医史研究中特别重视历史资料的蒐集，以史实资料来说明观点。他在这一方面所做的工作足以令人折服。在第一版《中国医学史》中，他就非常明确地强调了掌握史料在医史研究中的重要性。他认为观点必须建立在丰富而正确的史料之上，切忌空发议论。他不仅在本人的论著中非常注重史料的引用，并且为了帮助后人的医史研究工作，进行了大量的艰苦的资料汇编工作。他注重从历代各种中医典籍中蒐集医史资料，也广泛涉猎经史子集、丛书笔记各类著述。他以几乎是难以想象的毅力与韧性从浩瀚的十三经、二十六史、诸子百家中摘录了大量的医学史资料，汇编成三大部著作。其中《二十六史医史资料汇编》已经多次整理，最终在他逝世多年后于1982年建立中国医史文献研究所时印刷出版。而《十三经医史资料汇编》与《诸子集成医史资料汇编》尚需进一步整理。陈邦贤的这些资料汇编，是迄今可以见到的材料最丰富的医史资料集，是他留给后人的一份极其宝贵的学术遗产。
此外，陈邦贤关于医药学起源问题的论述也很值得重视。早在他的第一部《中国医学史》中，他就明确写道：“考医学之起源，本以简单之经验为始，至人文进步之后，始具一定之目的与方法，吾人现有之知识，绝非尽得诸自身之经验，其大部分皆赖先辈之失败与努力，而渐趋完全之域，绵延至今，遂为吾人之所有也”。说明他已注意到了医学起源的实践性与医学发展的继承性。此后，经过反复学习研究，他的观点更为具体与巩固。他曾多次发表论文专题论述医学起源问题。1929年，陈邦贤以“医史从话”的形式专题论述“医学起源始于简单之经验”。8年后，陈邦贤又一次专文论述这一课题。他在引述史籍中有关燧人、伏羲、神农、黄帝之为医药卫生始祖的资料后说：“总之原始之医疗观念虽然为神权所笼罩，但人类在生存竞争中，经历了无数事变，都给予他们一个新的刺激，于是便有本能的反应”。时隔6年，他再次论及医药学之起源。他认为：“上古医药之起源，究竟先有医？还是先有药？还是医药同时并有？大概是先有医而后有药的”。他在论证了这一观点之后强调：“药物之起源，是始于神农氏”。由此可见，陈邦贤在医药起源问题上，虽然接受了“本能说”的影响，但基本上还是重视我国学者在医始祖上的传统学说，主张医药起源于实践生活，经历了由简单到复杂的发展过程。
陈邦贤是我国医学通史研究的开拓者，是创建医史研究会的先驱者，也是呼吁建立医史研究机构和在医学院校设立医史教学的早期倡导者之一。陈邦贤一生著述甚多，在国内外的影响很大。1920年他的第一部《中国医学史》梓核时，被人称为“空前的杰作”。1936年的第二部《中国医学史》被列入商务印书馆《中国文化史丛书》，出版后受到国内外的充分注意。日本的山本成之助博士将此书译成日文，于1941年在日本东京出版。
1945年，戚铭远在《中华医学杂志》上撰稿，对陈邦贤的业绩予以热情的肯定。他说：“1920年丹徒陈邦贤最先刊行《中国医学史》一书，详述秦汉以下医官掌故，医药制度，并以著名医家及行世书目，各按时代，鳞次排比，诚为中国第一部比较名实相符之医史专著”。他还指出：“吾国研究医史之组织，当以1914年陈邦贤氏发起之医史研究会为滥觞。该会宗旨，在研究历朝医事之沿革及其所以进化之理由，确定医史唯一之资料，编辑中国医学史”。可见陈邦贤所做的努力和贡献，影响是非常广泛而深远的，他的学术地位早在40年代即为医学界所承认。
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