陈亦人教授一直致力于临床疑难病诊治的研究，已探索出一套适于疑难病诊治的方法：
1.疗杂病，治本肝胆：柔肝急以治瘾闭、失约；疏肝郁以治痹证。
2.解气郁，不忘降肺：疏肝理气解郁，古方殊多。治肺降不及气郁者不仅少法可循，更乏固有成方。陈教授在数十年临床实践经验基础上创立了“开肺宣郁汤”，以之治气郁属肺降不力者，每多取效。
3.消疣块，着眼痰瘀血：疣乃常见皮肤疾患，多属热毒留恋、痰瘀阻结于皮里膜外而致。有鉴于此，陈教授主张以活血化瘀，利湿解毒为治疗原则。
4.治郁证，法取通阳：抑郁型精神障碍临床以疏肝气、畅情怀为要务，陈亦人教授则提出宣展通达心阳亦为治疗之必需，“营蒲合欢汤”正是陈教授基于这一病理特征拟定的方剂。
5.振聋发瞆，治分脏腑：陈亦人教授认为人体是一个有机的整体，故一窍虽为一脏所主，却又与五脏六腑都有着密切的联系。在这一基本认识的前提下，他在耳鸣耳聋的诊治方面提出了治分脏腑的论点，有效地指导了临床实践，取得了良好的治疗效果。
6.裁经方，治神经官能症：陈亦人教授认为中医虽然没有神经官能症名称，但对其临床表现却有多所记载。至于其治疗，陈教授指出经方中比较常用的有甘麦大枣汤、百合地黄汤、百合知母汤、桂枝加桂汤、桂甘龙牡汤、半夏厚朴汤、柴胡加龙牡汤等。但是这些方剂并不是治疗神经官能症的专方，更不可能用其中某一方剂统治各种神经官能症。应该结合辨证选方，临证化裁。
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