1921年10月出生于四川省重庆市。幼时先入私塾，后入小学。祖父是位中医，父亲曾随之学医并深知医理，谋生之余，就教授方药中诵读《医学三字经》、《医学实在易》以及《药性赋》、《汤头歌诀》等医书。这些通俗读物便成为他的启蒙老师，使他自幼就对中医产生了浓厚的兴趣。1940年，方药中高中毕业后，由于父亲早逝，家境日衰，遂考入重庆市邮局作邮务员。但是，他念念不忘的是志做中医。这时，正值抗日战争期间，全国名医荟萃山城，经常举办学术讲座，使他得以聆听一代名医精湛的学理和高超的医术。在诸多名医中，他最钦佩的是被誉为“京都四大名医”之一的陈逊斋。陈是清代著名医家陈修园的后裔。
就在这一年，19岁的方药中正式从师于陈逊斋门下学习。为了生活，他还不能放弃邮局的工作，只能半工半读。陈逊斋是一位严师。在中医理论方面造诣很深，不但要求学生系统学习《内经》、《伤寒论》、《金匮要略》等经典著作，而且要求熟读成诵。临床方面，他是著名的经方家，而且针药并用。诊病时，只口述方名，便要求学生开出药物；只提示穴位，便要求能准确取穴扎针。面对这种严格要求，方药中只好把要背诵的内容写在纸条上，利用饭前饭后、乘车行路的时间反复默诵。日积月累，终见成效。在陈逊斋处学习半年之后，他便能按老师要求，遵方开药，按穴用针，有时还能背诵一些《伤寒论》、《金匮要略》、《针灸大成》的原文作为处方、取穴的根据。陈逊斋对这位勤奋苦学、聪敏善思的学生深为赞赏，随为他改名为“方药中”，勉励他“一生沉潜于方药之中”，预祝他“方药必中”。这一段学习经历，使方药中受益终生。由于陈老师的严谨教学和严格要求，使他苦读了中医经典著作，苦练了坚实的基本功。他在讲课中经常引用古典医籍，总是背诵如流。同时，学习中节奏紧张的生活，使他养成了珍惜时间、快速高效的工作习惯。
1944年，方药中取得了“中医师”资格，在重庆开设“方药中诊所”。当时，重庆连年流行霍乱、天花等，离诊所不远的江边一带的贫民区更是传染流行的疫区。年轻的方药中，怀着一颗“医乃仁术”之心，在毫无防护的情况下，不计报酬，不怕传染，参加救治。他运用中医有关伤寒、温病的理法方药大胆施治，居然活人不少。就是这样，在治疗烈性传染病中迈出了行医生活坚实的第一步，不但站稳了脚跟，还小有名气。中华人民共和国建立后不久，方药中参加了西南卫生部中医科工作。1952年，国家规定选拔部分优秀青年中医到北京系统学习西医。方药中进入北京医学院医疗系系统学习了5年西医，于1957年毕业。从1955年开始方药中以3年时间，完成了他第一本专著——《医学三字经浅说》。书中他吸取了西医的一些归类、论述方法，来收集、整理、阐释中医文献资料和临床经验。出版之后，倍受读者欢迎。
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