巴·吉格木德是系统研究蒙学史的第一人，从20世纪七十年代开始立题研究蒙医学史，到国内各地和蒙古国、前苏联布利亚特等有关国家进行考查，掌握了大量的医史文献资料，进行深入研究，发表了40多篇论文；出版的主要科研专著有《蒙医学简史》（1984年蒙文版、1997年汉文版）、《蒙古医学史》日文版（1991年东京）、《蒙医学史》（2002年），书中分四个发展阶段，系统地研究了两千多年的蒙医药发展史。任副主编编写了《中国少数民族科技史丛书o医学卷》（1999年）、《内蒙古医学史略》（1993年），添补了蒙医学史研究之空白，成为蒙医学史学科奠基人，创立了高等医学教育蒙医学史学科，培养了首届蒙医学硕士研究生（医史文献学）。现正在编写《蒙医学史》（蒙医学高等院校教材）。
· 蒙医学基础理论研究
巴·吉格木德1963年接受了编写蒙医学基础理论讲义任务，开始整理散在于古籍经典中的蒙医五大元素学说、五行学说、阴阳学说、脏腑学说、脉络学说； 1965年他编写的内蒙古医学院油印版《蒙医基础理论讲义》中第一次较系统地专章论述了蒙医五大元素学说、五行学说、阴阳学说、脏腑学说、脉络学说，对这些学说的系统化研究奠定了基础。在此基础上七十年代立项研究“蒙医学基础理论整理研究”课题，其成果：发表了《论正常赫依、希拉、巴达干》、《蒙医学基础理论发展史》等十多篇论文；1984年出版了科研专著《蒙医学基础理论》（1984年第一版，1988年第二版），该书是建国以来系统整理蒙医基础理论的第一部科研专著，书中较系统地整理研究了蒙医学基础理论；其中重点研究和系统论述了蒙医学基础理论发展史、五大元素学说、阴阳学说、脏腑学说、脉络学说、六基证病理学说、寒热病理学说、脏腑病理变化特点等；并提出了不少新的学术见解，成了蒙医学基础理论学科带头人；主编出版了《蒙医学基础理论》（高等医药院校教材、1988年）。为蒙医药基础理论的研究、教材建设方面做出了突出成就。
· 医学古籍文献研究
巴·吉格木德到国内外收集了大量古籍文献资料，发表了《蒙医学古典著作考略》、《古印度医学经典巨著<医经八支>的研究》等十多篇论文；提出了蒙医古代文献中《四部甘露》等三部古籍为蒙医药学“三大经典”的新观点，出版了《蒙医学史与文献研究》（2004年），书中研究、考证和介绍了近80部蒙医药古籍文献，成为蒙医文献学学科带头人。
任副主编编写了《蒙古学百科全书·医学卷》（2002年）；参编《中国医学百科全书·蒙医学》、《中国医学通史》、《医疗手册》等多部著作。
· 临床医疗工作
巴·吉格木德在四十多年的临床实践中积累了丰富的临床经验，对脑积水、神经根炎、神经性头痛、颈椎病、椎间盘突出症、过敏性紫癜、玫瑰糠疹、牛皮癣、胃溃疡、肾结石、睡眠性血红蛋白尿、子宫肌瘤、小儿肺含铁血黄素沉着症等疑难病症的治疗取得了较满意的疗效，成为著名蒙医。
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