郭士魁主张依靠中医理论研究发展中医，提倡中西医结合。他毕生致力于中医中药防治冠心病的研究，发展了活血化瘀、芳香温通的理论，创制了冠心Ⅱ号方、宽胸丸和宽胸气雾剂等名方。在祖国医学文献中，虽然没有冠心病的病名，但有类似症候的记载，如真心痛、胸痹心痛等。他认为，真心痛以气分虚损为主，因气虚而致血脉瘀阻；胸痹心痛乃本虚标实，不仅正气虚，而且血瘀、痰浊盛。故治疗真心痛重在益气，以参芪为主，佐以活血。治疗胸痹心痛，务必区分虚实标本缓急，以通为补。常选用活血化瘀、芳香温通、宣痹通阳等治则。以通为补、以通为主，这是郭士魁治疗冠心病、心绞痛的主导思想。按照中医的看法，不通则痛，痛则不通。心绞痛主要表现为痛，痛因不通，不通主要因为气滞血瘀和胸阳不振，故主要治则是活血化瘀与芳香温通。
为了改变中药在治疗冠心病中起效慢、服法繁、价钱贵的缺点，郭士魁与制药专家冉小峰合作，将心痛丸改制成心痛乳剂，用于治疗心绞痛病人，二到三分钟就产生止痛效果。说明活血化瘀、芳香温通的治则，以及在此治则指导下创立的方剂，是经得起临床实践检验的。
郭士魁认为冠心病属于中医“胸痹”范畴，历来治以宣痹通阳法，常用栝蒌薤白半夏汤等。他观察到冠心病人常有舌质紫暗，有瘀点或瘀斑等症状，中医辨证当为气滞血瘀。因此，对于重度心绞痛中医常规治法疗效不佳的患者，郭士魁试用活血化瘀法治疗，效果明显。他与北京地区冠心病协作组的有关专家共同研制了“冠心Ⅰ号”、“冠心Ⅱ号”，经过临床600多例验证，疗效满意。为了深入研究“冠心Ⅱ号”作用机理，他采用现代药理、生化、病理的方法来进行研究。研究结果表明，“冠心Ⅱ号”具有良好的扩张血管、改善冠脉循环、降低心肌耗氧量、预防心肌梗塞、抗血栓形成和改善血液流变性等多方面的作用。郭士魁自1958年开始从事心血管病研究工作。他带领全科同志，努力从事临床实践，并积极开展科研协作，曾与中国医学科学院阜外医院、北京医学院附属医院、北京中医学院、北京制药工业研究所、北京同仁堂药厂、中国科学院等多家单位广泛协作开展临床及基础研究。六十年代初就研究并取得了应用活血化瘀方法治疗冠心病及运用芳香温通药物速效缓解心绞痛的科研成果，对中医药治疗冠心病是一个很大的突破，在国内外产生了深远的影响。活血化瘀及芳香温通的治法沿用，进一步证实了它的效果和价值，得到了广泛的认同，并且不断深入研究开发出许多新药。以他为首，创造研制的“冠心Ⅱ号”、“宽胸丸”、“宽胸气雾剂”等多项科研成果，获得1978年“全国医药卫生科学大会奖”、“卫生部科研成果奖”等。
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