苗族医药的起源很早。苗族民间有“千年苗医，万年苗药”之说，而苗族医药见诸史籍的时间也很早。西汉刘向在《说苑．辨物》中说：“吾闻古之为医者曰苗父。苗父之为医也，以营为席，以刍为狗，北面而祝，发十言耳。诸扶之而来者，举而来者，皆平复如故。”“苗父”者谁？有的学者认为：“刘向《说苑》说上古有人名苗父，……这个苗父就是黎、苗族的巫师（巫医），巫师治病主要是祈祷禁咒术，但也逐渐用些酒、草等药物”（《中国通史简编》）。

由于苗族本身无本民族文字和史实的记载，故其医药的起源难于考证，但从众多的其他文献和传说、古歌中，仍可窥知其具体情况，其特点一是起源较早，历史悠久；二是起源于苗族人民生产和生活实践。苗族由于生活于药物资源十分丰富的地区，较早地了解和掌握了植物的知识和药用价值。至今在苗族地区，几乎每人都能认识掌握几种甚至几十种药物治疗方法，有些地方家家户户门庭院落房前房后皆种植一些常用药物，形成人们应用草药极为普遍的特点，具有“百草皆药，人人会医”之称，史载楚国巫师经常用苗药作巫具，《楚辞》中有不少记有被称为“苗药’、的“菖蒲”和“泽兰”，长沙马王堆一、二号汉墓把“泽兰”作为殉葬品，说明了苗药的历史悠久和广泛应用。

由于苗族没有本民族文字记载的医籍，这同苗族社会历史发展的各个时期很难确定一样，苗族医药发展无明显的分期。但苗医发展史上确实存在一段较长的“巫医合一”的时期，《说苑辨物》上所说的“苗父”属于这种情况，《宋史．蛮夷列传》载：“西南诸夷，汉地，……，疾病无医药，但击铜鼓、铜沙锣以祀神。”苗族人民喜用铜鼓，用它祀鬼神以治病，是较早时期的情况。

我国汉族地区在春秋时期，巫与医已经完全分离，但经济科学文化落后的苗族，却比较完全地保存了“巫医合一”的特点。道光《凤凰厅志．风俗篇》载：苗族民间“疾病延医服药之外，惟祈祷是务，父母病则延老者，十八人牲牢为请命于神，谓之打十保护。童子病则延巫为之解煞，名曰杨关。”这种“巫医合一”的方式，用苗族的俗语来讲，叫做“巫医一家，神药两解”，到清代还很盛行，民国《剑河县志》载：“民知尚稚，笃信鬼神，患病者不事医药治疗，惟气灵于巫祝，有跳神走阴诸名色”。民国《兴仁县志》载：“黑苗巫曰密那，遇病延之，杀犬而禳，名曰打老魔。”上述记载很多，除方志外，清．田雯《黔书》载：“苗人……病不服药，惟祷于鬼，谓巫为鬼师，鬼师乘以愚人”。清．梁雪绳《黔苗词》中曰：“寨旁岩屋湄边，手携力弩作嬉嬉，病来不解神农药，杀犬屠牛事鬼师。”可见苗族医药中，巫师治疗疾病并非个别现象，而是一个历史现象。有的地方延续至今，呈现了十分复杂的情况。

苗医外治法还有很大一部分是起源于巫术，虽然它们已完全脱离了巫术的内容与形式，如苗医的滚蛋疗法，最早是巫师敲蛋占卜望鬼时，为加强其法术的神秘性，将煮热的蛋滚动全身而形成。滚蛋疗法在苗医中广为流传。操作简便，疗效较好。更为独特的是，苗医应用滚蛋后蛋壁和蛋黄的颜色变化以诊断并预后疾病，这同巫师敲蛋占卜有着某种联系，构成了苗医的诊法特点。其他如化水疗法、踩铧口疗法等，也有类似情况。

另外，在临床治疗中，一些苗医（或病人自己）主张神、药结合，一方面用药治疗，一方面求神请祖。由于对许多疾病的发生无法解释，对危重病的发展死亡无法理解，只好求助于鬼神而与巫“合作”，既彼此利用，又互相对峙，形成“巫医一家、神药两解”的局面，据黔东南10个县的调查统计，巫与医并用的现象至今在某些局部地方仍然存在着。

“巫医合一”是苗族医学发展史中的一种特殊的历史现象，是由于缺乏科学知识，社会发展缓慢而又极不平衡的历史原因造成的，说明了苗族医药的形成过程，脱离巫术的不彻底性和复杂性。但对“巫医合一”情况应作具体的分析，不可一概而论，虽然巫术阻碍了医学的发展，但并未吞噬医学的精华，从而阻止医学的破土而出，这是由于苗族医药扎根于山区的群众之中，又有几千年的实践经验作为基础的缘故，不能以此作为否定苗族医药存在的理由。今天，由于苗族文化知识的提高，这种“巫医一家”的状况已逐步解体。

近代，随着苗族社会经济发展地位逐渐变高，苗族医药作为一种传统医学也被人们认识和引起重视。

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