陈修园由于承袭了程朱理学的思想，受了徐灵胎、钱塘“二张”的影响，因而有其“崇古尊经”的一面。但其发皇古义之中，又吸取大量当代有效的时方，这又有其进步而不泥古的一面。他能融汇新知，并有所创新，在一定意义来说，其学术思想是赋有“补编救弊”的作用。兹分而述之：
1、学术指导思想。 发皇古义 尊经旨而不泥，陈修园认为：若“理不本于《内经》，法未熟于仲景，纵有偶中，亦非不易矩获。”涉足医林，首先应当对《内经》和《伤寒杂病论》等经典著作的研习，是非常必要的。正因为陈修园注重古代经典的学习和研究，所以有人指责他是“尊经泥古”的儒医，并加以批判。笔者认为，陈修园之尊经，的确是事实，而说他泥古则是言之过甚。中国医学有一套独特的理论体系，只是认真深入的研究中医典籍，才能深刻地理解中医学术的本质，找到其真谛。否则，就有可能变成“不过记问套方，希图幸中，揣合人情，以为糊口之计”（引自《医学从众录》）的庸医。由此可知，陈修园尊崇经典，以经典为圭臬，其目的是在于告人守绳墨、有规矩，刻苦钻研中医基本理论；认为只有在理论的指导中，辨证、立法、选方，才能真正不断提高学术水平。这样的“泥古”，就无庸非议了。融合新知 治伤寒而创新、陈修园之治学，其“尊经崇古”，旨在继承，主张穷求经旨，以典籍为根基。这种学术上的连续性是必需的。其实，陈氏“崇古”并不泥古。在他的许多著述中，上自对《录》、《素》、《神农本草经》、《伤寒杂病论》等的阐述，集先贤诸说，并掺以自己的心得体会；下及《时方妙用》、《医学实在易》、《医学从众录》等。均广泛收集当代的有效方药。可以说，这方面是他的创新之处。补偏救弊, 医著从众而录，中国医学有一整套独特的理论体系，只有认真深入研究中医典籍，才能深刻理解中医学术的本质，找到其真谛。不然，就有可能变成庸医。由此可以推论，当时陈修园的不少同道，不重视中医经典著作的研究，不重视中医基本理论的学习，在临床实践之际理法不明，而片面地追求时髦方剂，以图取效，因而流弊甚多。陈修图正是有鉴于此，对那些不按理法，不辨证乱施药的医士，只是以医为糊口之计的庸医，大加指责，指出“医道之不明也，皆由于讲方而不究经之故”。所以，他苦心研究《内经》、《难经》、《伤寒杂病论》、《本草经》等经典著作，其著书立说的动机，显然是为了补偏救弊、改变当时的医风。
2、 治疗方法和思路。返博为约，示后学以津梁，陈修园之治学，对已要求“深入浅出，返博为约”；对人则要求：“由浅入深，从简及繁”。他在自己的学习实践中，深深体会到，对每个习医者来说，心读《内经》、《伤寒杂病论》、《神农本草经》等经典著作，文字古奥，义理深遽，往往意在言外，苦于无明晰浅湿的注解，很难理解它们的精神实持，读者每有“望洋”之感受，而至畏难不前。为了普及医学知识，消除学者畏难情绪，对上述诸书，陈修园本着“语语为中人所共晓”的精神，俱曾用通俗语言，或节注或全注，以浅显出之，如《素问。灵枢集注节要》、《伤寒论浅注》便是。不仅如此，为启迪后学，他集先秦以至元明诸家的精华，采用“返博为约”的方法，还著有入门佳作《医学实在易》。此书引导后学者，驾轻就熟，先知其易，故名日《医学实在易》。由此所及，可以看出，陈修园终生从事中医学研究，致力于中医普及作出了卓越贡献，其医学著述中的普及读物，至今还广泛流传，为医者所喜爱。分析综合、尤以补注见长，陈修园研究中医典籍的重要方法之一，是采取综合分析，并普遍掺以补注。经他综合整理的医学论著有《灵枢素问集注》、《神农本草经读》、《伤寒论浅注》、《金匮要略浅注》，以及《伤寒医决串解》、《时方妙用》等都是综合衍释，衬托注解以明其奥义。此如，在《灵枢集注节要》中，陈修园将《内经》的“天元纪大论”、“五运行大论”，“六微旨大论”、“五常政纪大论”和“至真要大论”等章节。集中为《运气》一篇，综合分析其义。不仅衬以小注，并绘制五运六气、六气主时、六气主气太过不及等到图形，撰文析义，使学者能深入浅出地理解五运六气的基础规律。陈修园的《伤寒决串解》，他在序言中说：“晕集伤寒浅注三百九十七法，依法条晰，期于明白易晓，而又虑学者，未能融会通而得其要旨也，不揣固陋，复为综衍释，名日《伤寒医决串解》”。可见，其所以要串解的目的，就是在于综合分析，阐明伤寒之精深奥义，的确是用心良苦。特别还要提出，陈修园的全部注疏方法，多采用“衬以小注”的方法，尤以补注见长。如其所著的《伤寒论浅注》、《金匮要略浅注》二书，是采取独特的方式，以演释条文。其特点是原文与注文协调一致，既可连续，又可分读，文字流畅，语句通俗，确实起到了衬托明快的作用。[3]撰写歌括 ，便于初学记诵，陈修园为了初学者便于记忆背诵，尽快入门，对《伤寒论》方和时方，在《医学实在易》等著作中，把原文、方药、主治等都用诗歌体裁，撰成便读的歌括，读起来琅琅上口，易读易记。这又是陈修园治学的另一大特色。[4]浅显寓深 ， 通俗易懂称著，陈修园的治学方法，在他的众多著述之中，还可以看出，他采用了浅显而精深，以期达到通俗易懂的目的。如《医学三字经》、《医学实在易》、《医学从众灵》等，这是众所周知的，他将深奥的医理，用通俗的文字，概括而以浅出之，是历来广泛受到欢迎的普及读物。但必须提出，他对更加深奥的经旨，也通过衬托注解，直接涉及经典字句章节，使之读起来亦可在浅显中而悟出其精深。
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