陈实功编撰的《外科正宗》一书，汇总了明代以前外敷内服的方药，并且创造和记叙了当时多种外科先进技术，如截肢术、鼻息肉摘除术、气管缝合术、咽喉部异物剔除术以及用枯痔散、枯痔钉、挂线法治疗痔屡等方法。
同时，陈实功对手术室及病房的要求也相当科学，提出“冬要温床暖室，夏宜净几明窗”，并严格注意室内卫生，“亦庶外风不入”。
由于陈实功学术上兼顾内外，外治擅长刀针手法，此后，清代祁坤《外科大成》、吴谦《医宗金鉴》、马培之《医略存真》等，均遵循了他的学术思想理论与经验，并且进一步发挥，逐渐形成中医外科史第一大学派“正宗派”，与清代王惟德代表的“全生派”和高锦廷代表的“心得派”并称为外科学的三大学派。
陈实功对癌肿一病有着深刻的认识，他把癌肿命名为失荣症，在论述病因时，他指出忧郁、心所愿不志以及不良刺激等因素是重要原因。他的这些见解，使中医对癌肿的认识明显提高了一步，一些论述至今还有科学价值。
此外，陈实功极重医学道德，他提出的“医家五戒十要”，被认为是古代医生的道德行为准则。医家“五戒”：一戒诊病延迟、唯利是图、欺骗行医、夸大疗效；二戒单独诊治妇女僧人、披露病人隐私、勒索患者；三戒索要贵重物品、并随意称赞病家物品之好；四戒行乐登山携酒游玩、擅离岗位、亲察病状后方能处方；五戒漠视娼妓患者，要一视同仁，不借治病之由行不正之事。
医家“十要”：一要勤奋好学，博览群书；二要依法炮制，方出有据；三要谦和谨慎，尊师重道；四要脚踏实地，尊重生命；五要乐天知命，轻利远害；六要戒奢宁俭，朴素持家；七要公益当头，施医舍药；八要合理支配，杜绝浪费；九要详备物品，器具齐整；十要有求必应，心无旁骛。