方有执自谓其天性鲁钝，“愚于儒且惮不能”，初亦未学医，后中年以两番因中伤风寒丧妻，五次以惊风殇子而发愤学医，于伤寒证治尤有心得。他认为《伤寒杂病论》集医道之大成，擅百世之宗师。而西晋王叔和重为编次时，已有所改移；及金代成无己作注，又多所窜改，致使习医者或以不全之书置而不习，或沿习二家之误弥失其真。故以20余年的时间，遍历于齐、鲁、川、陕等地，以访师求友，探究伤寒真谛。老而返家，“归田闭阁,考众李之殊同，返离异而订正。”八经寒暑,七易其稿,著成《伤寒论条辨》八卷，后附《本草钞》、《或问》、《痉书》各一卷。
方有执对《伤寒论》的重改修辑，采取整移删削的方法，进行了通盘的订正与编次。他将有关太阳病的条文分为一、二、三卷,阳明病与少阳病合为第四卷,太阴病,少阴病与厥阴病合为第五卷将有关湿病、风湿、杂病条文以及霍乱、阴阳易、差后劳复诸篇，合为第六卷。认为 “辨痉湿病证” 篇尚可信，认为“辨脉法”与“平脉法”二篇中有部分原书内容，合为“辨脉法”，此为第七卷。认为汗吐下可与不可诸篇是王叔和自为编述，置为第八卷。全书中对太阳篇的改动最大。他认为风寒之邪，分别侵犯人体营卫。风则中卫，故将因卫中风而病的条文编为第一卷，伤寒伤营，故将因营伤寒而病和曾冠“伤寒”二字的条文编为第二卷；同时又将风寒同时侵犯营卫的条文编文第三卷。此即他所主张的外感风寒发病的三种类型。他对《伤寒论》条文的考订编次确有新意，增强了原文的系统性、条理性，尤其反映了他对伤寒病的丰富的实践经验与理论认识。后经喻嘉言的大力提倡，概括为“三纲鼎立”之说，和者竟起，形成了著名的伤寒学说中的错简重订派，促进和发展了伤寒学说。