杨上善根据《八十一难经》、《扁鹊灸经》、《秦承祖明堂》、《明堂经》、《曹氏灸经》等医著，对《黄帝内经》作了注释，编著成《黄帝内经太素》，是现存最早注释《内经》的专著。
另外，杨上善尚著有《黄帝内经明堂类成》，据《旧唐书》载其有十三卷，今仅存残本序文及第一卷手太阴肺经，名为《黄帝内经明堂》
· 《黄帝内经太素》的针灸特色
《黄帝内经太素》对《黄帝内经》原文的归类注释，其中有很多关于针灸内容的章节，如在卷十九、卷二十二、卷二十三、卷三十中，就有关于经络、腧穴、刺灸方法及针灸治疗各种疾病的专门记载，反映出杨上善深谙针灸学的基本理论和临床实践，使针灸学得到了较好的一次总结，不失为隋唐时期一部学术价值较高的针灸医著。
《黄帝内经太素》阐发《内经》经文原旨较为深刻，如其对孙络的注释是：“十五络脉从经脉生，谓之子也；小络从十五络生，乃是经脉孙也”，阐理贴切。又如对“豹文刺”的注释亦较清晰明了，“左右前后，状若豹文，故曰豹文刺也。”对于奇经八脉，杨氏进行了较深刻的考证，阐明奇经八脉的循行、主病等。
杨氏对于腧穴的名称，能言简意赅地以腧穴的生理特性来阐明其义。如经渠穴的解释：“水出流注，入渠徐行，血气从井出已流注至此，徐引而行，故曰经渠。”杨氏不但能用腧穴的生理特性而且还能利用解剖知识来阐释穴名，如对足三里、巨虚上廉、巨虚下廉三穴名称的解释。
杨氏对腧穴的排列顺序以分经统穴为主，这一归类方法对后世腧穴归经的发展具有一定的影响，后世特别是北宋王惟一对全身腧穴的十四经脉归经法很大程度上是受此影响而来。
· 《黄帝内经明堂》对针灸发展的影响
《黄帝内经明堂类成》原书十三卷，又名《黄帝内经明堂》，其成书年代尚无明确考证。
由于《黄帝内经明堂》系杨上善奉敕对中国第一部腧穴经典——《黄帝明堂经》的重新注解与编撰，故实际是—部官修医书。杨氏广求异本，精校详注，因而其质量较高。该书为考察《黄帝明堂经》的结构、体例、传本源流，提供了非常珍贵的资料，同时对于《针灸甲乙经》传本的校勘，也具有重要参考价值。
现藏日本仁和寺中的杨上善《黄帝内经明堂》卷子，共有两轴，都仅存卷一及肺经部分、（有部分缺文），具有很高的文献价值。经考察发现该传本的主要内容又被针博士丹波康赖《医心方》针灸卷所辑录。除了上述《医心方》外，《黄帝内经太素》及日本一些古书中也保存有《黄帝内经明堂》的一些佚文，这些佚文对于考察《黄帝内经明堂》具有重要参考价值，同时也是辑校《黄帝明堂经》的宝贵素材。
从该书残存的卷一内容可以看出，《黄帝内经明堂类成》中对经脉、腧穴的排列已经按照经脉气血流注的顺序排列，而不再按头、面、躯干、四肢等进行分部排列。如手太阴肺经腧穴的排列则按中府、天府、侠白、尺泽、孔窍（最）、列缺、经渠、太渊、鱼际、少商的顺序，与《内经》中“手之三阴，从藏走手”的经脉循行方向完全一致，使腧穴理论与经脉理论更有机地结合起来，这与《针灸甲乙经》中腧穴分部排列的顺序显然不同。
杨氏在该书中还对腧穴的五行五输属性、部位、误刺、留针时间、施灸壮数、误灸等作了记载，甚至还对穴名及穴性作出了解释。由此可见，《黄帝内经明堂》对于第一部腧穴经典《黄帝明堂经》内容的保存以及针灸腧穴理论的进一步发展做出了应有的贡献。
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