1949年中华人民共和国建立后，叶桔泉以十分兴奋的心情，以极大的热情积极投入医药的研究和临床工作。当时医药方面的形势十分严峻，特别是广大农村，缺医少药的情况相当严重，有许多常见病和多发病患者由于得不到及时治疗而丧生的惨景使他深深地感到不安。为了改变当时的状况，他主张应把常见病和多发病的防治作为医疗的重点，特别在广大农村，要着力培养医药人才，逐步改变缺医少药的现状，最大限度地为人民的防病治病服务。他联络志同道合的朋友在苏州创办农村医疗进修社，编印农村医药小丛书和《中医直觉诊断学》等大量的讲义和教材，培养了大批实用的医药人员，同时为数以千计的病患者解除了病痛。鉴于他在医药方面的建树和突出的成绩，1954年他出席了江苏省中医代表大会。同年参加了江苏省中医院的筹建工作，被任命为该院院长，并兼任江苏省中医学校副校长。党的中医政策使中医药事业得到了挽救，并将获得前所未有的发展。这使他激动不已，受到了极大的鼓舞，遂撰文《数十年来的愿望实现了》发表在《新华日报》上，并全身心地投入中医药事业。不久，又被调到江苏省卫生厅任副厅长。从1955年起，他担任了中国科学院生物学部委员。此后，他兼任过江苏省中医研究所所长，中国医学科学院江苏分院副院长，南京中医学院副院长。在此期间他积极组织有关同志，调查研究江苏省的医药文献及中药工作，领导中医研究所同志编辑江苏省现存中医药书籍联合目录，并撰写了《江苏中药名实考》一书；收集了本省各县市“地方志”中有关中医历史人物资料。1960年，鉴于中药材供应紧张，他撰写了《本草推陈》正续篇二册。从1959年起，他兼任江苏省血吸虫病防治研究委员会副主任，卫生部医学科学委员会血吸虫病专题委员会委员。在此期间，他经常下乡蹲点，在吴县、昆山等地开展中医中药防治血吸虫病的研究工作，并参加上海毛守白教授主编的《血吸虫病学》一书中中医治疗部分的编写工作。同时兼做江苏医院中医科临床工作，组织该科同志研究固定方剂小剂量的临床观察，并取得了实质性进展，为血吸虫病的防治工作做出了重要贡献。 在下乡防治血吸虫病期间，为了帮助农村中的中医防治传染病，提高他们的医疗水平，他撰写了《传染病提要》 ， 《伤寒与副伤寒》 、 《疟疾与痢疾》 、 《麻疹》 、 《肺炎》 、 《钩虫病》 、 《医学问答汇编》和《实用经效单方》等书籍及教材，先后函授培训了300多名农村医疗骨干。

1956年，他在北京参加全国科学规划会议期间，周恩来总理等中央领导同志到住地看望代表。当周总理来到叶桔泉的房间时，范长江同志介绍说：“他是江苏省卫生厅副厅长……”，总理接过话说：“我认得了，你叫叶桔泉，是很有名的中医吧”！接着，周总理亲切询问了中医药研究、中西医结合、江苏省血吸虫病防治方面的情况。他向周总理汇报了中医治疗晚期血吸虫病腹水症和中草药灭钉螺所取得的初步成果，周总理听了以后，高兴地说：“中草药很有希望，你们要好好研究”。中央首长对中医药的热情关怀，使他倍受鼓舞，他决心不辜负党的信任和希望，为人民的健康事业发奋工作。

“文化大革命”期间，他被扣上了“里通外国”、“反动学术权威”和“走资派”三顶帽子被批斗，住牛棚，干杂活。身处逆境，但他始终没有放弃为之奋斗的事业，他总是说：“不管干什么，都要为人民健康服务”。在几十年积累的书稿、笔记、资料都被抄家而丢失的情况下，仍然坚持写作，25万字的《食物中药与便方》就是在这种艰难困苦的情况下写成的。

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