龚氏辨证重脉诊，论病首言脉法，认为脉明则病理自明。其在多本著作中，均开卷首言脉理，在论述每一病症时，亦先明脉象，辨明脉之生克，才能于病之轻重了若指掌。
“血气论”详细阐述了气血的生理、病理、相互关系及调治方法。指出人身之根本为血气，血气不通则百病始生。治疗以“人之一身，调气为上，调血次之”为主导思想，重在调气，气行则血随，并强调在调气调血的同时，要不忘助胃气，此乃治病之本。在治疗血证时，尤勿使滋腻之药损伤胃气。龚氏认为气为阳，血为阴，故左血右气，夜血昼气。此观点对临床辨证有重大的指导意义。
“脾胃论”中强调脾胃为五脏六腑之主，为血气生化之源，并说“补肾不若补脾。”脾胃受损乃内伤之根本，将脾胃受损原因概括为饮食劳倦、恣味纵欲、饮食自倍三点，简明扼要。因饮食与脾胃关系密切，饮食调理与否，直接影响到脾胃的健衰。故龚氏特别注重饮食养生，勿令饮食失调以害生。其总纲为“凡以饮食，无论四时，常令温”。无论是防病、治病还是病后调理，都将调理顾护脾胃摆在重要位置，充分说明了龚氏注重脾胃的思想。
“衰老论”阐释了人体衰老的机理为肾阴肾阳虚衰，而恣味纵欲会加速衰老以致早夭不救。龚氏提出“善养生者养内，不善养生者养外”，反对单纯运用补药以保生，反对恣食厚味，认为不过加速正气的衰退。而应重视摄生养性的重要性，倡导节欲清心以保精。
“延年良箴”具体给出了摄养的思想和主张，包括饮食、运动、劳逸、心理等多方面的内容，集中体现了龚氏的养生思想。
龚廷贤的治未病思想包含在养生理论中。除了摄生养性外，亦有独立之处。提出万病之原为虚，致虚之由有四，一为饮食失节，损伤脾胃;一为劳役过度，耗散元气;一为思虑过度，损伤心血;一为房欲过度，耗伤肾水。并说虽智者亦难免犯之一二，故运用王道和平之剂来进行调摄，早晚间服坎离既济丸和保合太和丸。则可免终身之患，延年益寿。
另治未病思想体现在各科证治当中，如预防中风，指出中风先兆为大指、次指麻木不仁或肌肉蠕动。在出现先兆症状后，及时用药治疗，则不仅可以可避免中风的发作，而且增强正气，不生他病。
此外，龚氏是一个富有原创精神的医家，内科上首先命名了“五更泻”，称之为“肾泻”，将五更泻的病因归为肾虚。
妇科创制了“加减四物汤”，扩大了四物汤的治疗范围，既可治由体虚而引起的外感疾病，又可治内伤饮食等杂病;既可治诸窍不利，又可治肢体不和;既可治经带胎产诸病，又可随四时之气的变化而灵活调方。
写出了第一部以“推拿”命名的儿科专著，强调望诊在小儿疾病诊断的作用，注重乳母饮食及情志变化对小儿的影响。
外科上为记载最早的运用砷剂治疗梅毒，根据疾病的不同阶段和症情进行不同的治疗。明确指出梅毒具有可传染性。
龚氏熟识药性，将其编为歌括，流传下来，易颂易记。即为现在大家所熟识的《药性歌括四百味》。
其《万病回春》《寿世保元》中之方剂大部为原创。有很多至今广泛应用于临床各科，如乌鸡白凤丸、清上蠲痛汤、高枕无忧散等。
龚氏亦善于运用前人之方，比如补中益气汤，广泛应用于内科杂病、妇产科及五官科、外科，极大地拓宽了方剂的适用范围。
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