吴鞠通是温病学派的主要代表人物之一，对中医学尤其是温病学的发展作出了巨大的贡献。吴氏熟谙经旨，博采众长，对温病进行了深入细致的研究，撰写了温病名著《温病条辨》，认为温病与伤寒实有水火之分，无论病因、病机、感邪途径、传变规律、初起证候以及治疗原则等方面均存在不同之处，并对此一一进行了阐述；创立了温病的三焦辨证论治纲领，将温病发生发展过程的病变机制概括在三焦之内，并根据三焦所属脏腑的特点，提出相应的治疗大法；吴氏还根据温病的特点，提出了比较完善的清热养阴方法。可见，吴鞠通不仅丰富了温病学的辨证体系，完善了温病学说的理论，有力地推动了温病学的发展，而且为我们确立了许多切实可行的清热养阴方法，他所制定的一些卓有成效的方剂，至今仍为临床广泛运用。
此外，吴鞠通在杂病、妇科、儿科论治方面，也有独到的见解。吴氏亦十分重视《黄帝内经》关于五运六气影响发病的论述，认为气运偏盛是温疫大行的因素之一，故每以气运作为温疫发病的预测和辨证施治的参考。
总之，吴鞠通学验俱丰，不愧为后世之楷模，一代之宗师。2006年，为了缅怀吴氏，弘扬其学术思想与高尚的医德，淮安市楚州区政府修复吴鞠通故居遗址，建立了“吴鞠通中医博物馆”。2007年7月28日，吴鞠通铜像在他的家乡落成揭幕，铜像由我国著名雕塑大师、中国雕塑院院长、南京大学美术学院吴为山教授雕塑而成，随后在淮安市又召开了清代中医学大师吴鞠通诞辰250周年高层学术论坛，并成立了吴鞠通中医研究院，足见其后世影响之深远。
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