吴鞠通生活于清代乾隆、道光年间，政治稳定统一，经济繁荣昌盛，文化欣欣向荣。而在医界，也涌现出了许多医学大家，如叶天士、薛雪、徐灵胎、柯韵伯、张璐等，尤其是在急性热病的理论与诊治经验方面正处在不断积累和提高的阶段，这些都为吴瑭学术理论的形成创造了有利的条件。
(一)学术思想渊源
吴鞠通学医既非世医家传，也未直接拜师，其学术思想的形成主要是受历代经典医籍和医家的影响，尤其与《黄帝内经》、张仲景《伤寒杂病论》、叶天士《临证指南医案》及《温热论》等的学术思想密不可分。
1.渊源于《内经》《黄帝内经》是中医学的经典理论著作，为中医学理论之源和中医各科发展的理论基石，历代医家无不重视，吴鞠通也不例外。他在《温病条辨·凡例》中说：“历取诸贤精妙，考之《内经》，参以心得，为是编之作。”
吴鞠通创立了三焦辨证理论体系，而三焦之原理也溯源于《内经》。如《内经》中谈到三焦的生理特点时指出：“上焦如雾，中焦如沤，下焦如渎。”吴鞠通在此基础上提出了三焦辨证的治疗原则：“上焦如羽，中焦如衡，下焦如权。”吴鞠通创制的用于温病初起、但热不恶寒而渴者的方剂银翘散，其组方原则也是根据《内经》而来：“本方谨遵《内经》‘风淫于内，治以辛凉，佐以苦甘；热淫于内，治以咸寒，佐以甘苦’之训。”《温病条辨·凡例》曾谓：“本论各方条下，必注明系用《内经》何法。”
2.秉承张仲景东汉时期张仲景的《伤寒论》，开中医临床辨证论治之先河，为我国第一部论述外感热病治疗的专著，创立了六经辨证理论体系。吴鞠通的温病学说及其创立的三焦辨证理论体系无不受《伤寒论》的影响，如他在《温病条辨·凡例》中说：“是书虽为温病而设，实可羽翼伤寒。”他将《伤寒论》的六经辨证理论巧妙地融入到三焦辨证之中，而且在全书的编写体例上也是仿照《伤寒论》的方法，方随证立，方证同条。而《温病条辨》一书所收载的方剂(包括吴氏自创方在内)约208首，其中一半左右是来自于张仲景的经方，如其开篇第一首方便是桂枝汤，此外尚有白虎汤、麻黄附子细辛汤、大承气汤、小柴胡汤、五苓散、小建中汤、小青龙汤、乌梅丸等，甚至对于有些方剂的剂量也没有换算成清代的用量。
从《吴鞠通医案》来看，吴鞠通本人对于张仲景《伤寒论》辨证论治理论及其经方的运用也非常得心应手，而且有胆有识，如《吴鞠通医案》中记载其桂枝汤自治案及麻黄附子甘草汤治肿胀案等，治疗过程审证精准，用药老道，经验丰富，不像时医那样畏首畏脚，瞻前顾后。由此可见，吴鞠通对于经方的应用也是相当娴熟，尤其是在剂量配伍上，可谓大刀阔斧。
3.私淑叶天士吴鞠通对清代著名医学家叶天士温病学说的继承表现得尤为突出。叶天士《温热论》中多次提及“三焦”，而且在《临证指南医案》中也多次论述到。吴鞠通之继承，并非简单抄录，他创造性地将卫气营血理论融入到三焦理论中，从而形成了三焦之中各有卫气营血，同时三焦之中又各有所主的“三焦辨证”。
吴鞠通对叶氏在治疗方面的继承更为突出，他曾言：“惟叶天士持论平和，立法精细。”《温病条辨》中归纳的清络、清营、育阴等治法，实际上是对散见于叶天士医案中的清热养阴法的总结提高。而叶天士临床常用的验方，在吴鞠通手中一经化裁，便成了桑菊饮、清宫汤、连梅汤等名方。此外，叶天士常用的万氏牛黄清心丸，经吴鞠通加减化裁，成为著名中成药“安宫牛黄丸”，可谓善学善用。
我们甚至可以认为，吴鞠通的《温病条辨》就是对叶天士《临证指南医案》的理论升华和学术经验的高度概括和总结。吴鞠通曾认为，历代众多医家中，惟独叶天士心灵手巧，精思过人，叶氏医案中所提示的治疗方法丝丝人扣，可谓汇集众家之长，只可惜大家都不知其中奥妙所在，并鼓励后学者应当细细研读叶案原本，而后定有所获。
当然，吴鞠通除了受《内经》、张仲景、叶天士等学术思想的影响之外，还广览诸家，博采众长。如吴氏在《温病条辨·原病篇》注释《内经》中的叙述中，引用医著很多，涉及宋代朱肱的《南阳活人书》；金代刘完素的《伤寒金鉴》、《伤寒直格》，张子和的《伤寒心镜》；明代王安道的《医经溯洄集》，张景岳的《类经》，吴又可的《温疫论》；清代喻嘉言的《尚论篇》等。
(二)寒热水火阴阳之辨析
对于伤寒与温病，尤其是二者之间的关系历代医家多有论述，如《黄帝内经》指出：“伤于寒也，则为病热。”“今夫热病者，皆伤寒之类也。”再如，张仲景所论的“伤寒”其实已包括后世所论的“温病”，但是仲景详于“伤寒”，而略于“温病”。金元以后，皆有阐发温病治法的医家，如金代刘完素创制辛凉、甘寒、解表之法治疗温热病；明初医家王履明确提出伤寒、温暑为治不同论，充实了刘河间火热论，倡导温病的治疗应以清里热为主；明末医家吴又可提出，“温疫之为病，乃是天地间别有一种异气所感”，而这种异气是“自口鼻而入”，发展了温疫学说；清代名医叶天士结合自己的实践体会，提出“温邪上受，首先犯肺，逆传心包”的论点和卫气营血的辨证论治方法，对温病学说的发展作出了重要贡献。及至吴瑭，认为伤寒与温病虽同属外感疾病，但实有水火阴阳之分，是两类不同性质的疾病，在病因、感邪途径、传变规律、病机、证候和治疗等诸多方面皆不宜混淆，应当明加辨析。
1.病因不同伤寒为感受寒邪所致，是水之气，从性质来讲属阴；温病乃罹患温热之邪所致，是火之气，从性质来讲属阳，所以吴氏说：“伤寒之源于水，温病之源于火。”(《温病条辨·卷一》)
寒与温，一水一火，一阴一阳，一下一上。寒在下，所以寒邪伤人伤于下焦膀胱，病太阳膀胱，通过太阳膀胱经才入于肌表，这是吴鞠通对伤寒的认识。温热属火，火性炎上，所以温热之邪伤人从上窍而入，从口鼻而入，伤于上焦肺金，二者是不能混淆的。
2.感邪途径与传变规律不同吴鞠通指出：“伤寒由毛窍而入，自下而上，始足太阳。足太阳膀胱属水，寒即水之气，同类相从，故病始于此。古来但言膀胱主表，殆未尽其义，肺者，皮毛之合也，独不主表乎?治法必以仲景六经次传为祖法。温病由口鼻而入，自上而下。鼻通于肺，始于太阴。太阴，金也；温者，火之气；风者，火之母，火未有不克金者，故病始于此，必从河间三焦定论。”(《温病条辨·卷一》)
吴氏认为，六经辨证与三焦辨证乃一横一纵，互补为用。六经辨证系从横向着眼，其传变先太阳，而后阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴，故诊治必遵仲景六经辨证纲领；三焦辨证则从竖向入手，其传变先上焦，后中焦，终下焦，故诊治须用河间三焦分证法。
3.病机和证候表现不同伤寒之原，原于水；温病之原，原于火。伤寒病的寒邪，是水之气，膀胱者，水之腑，寒邪先伤足太阳膀胱经，是以水病水。温热病的温邪，是火之气，肺者，金之脏，温热先伤手太阴肺经，是以火乘金。这是伤寒、温热二者最根本的区别所在。
吴氏又说：“寒为阴邪，虽《伤寒论》中亦言中风，此风从西北方来，乃觱发之寒风也，最善收引，阴盛必伤阳，故首郁遏太阳经中之阳气，而为头痛、身热等证。太阳，阳腑也；伤寒，阴邪也，阴盛伤人之阳也。温为阳邪，此论中亦言伤风，此风从东方来，乃解冻之温风也，最善发泄，阳盛必伤阴，故首郁遏太阴经中之阴气，而为咳嗽、自汗、口渴、头痛、身热、尺热等证。太阴，阴脏也；温热，阳邪也，阳盛伤人之阴也。阴阳两大法门之辨，可了然于心目间矣。”(《温病条辨·卷一》)
4.治疗方法不同吴氏说：“伤寒伤人身之阳，故喜辛温、甘温、苦热，以救其阳；温病伤人身之阴，故喜辛凉、甘寒、甘咸，以救其阴。”(《温病条辨·卷二》)从治疗来看，寒邪是阴邪，伤人之阳气，首人人体就是太阳经，只能用辛温来散寒，甚至于还要用甘温、苦热来救阳；温邪是阳邪，阳热邪气伤人之阴，温病学家注重人的津液，在病之初就考虑用辛凉来清解温邪，甚至还要用甘寒来救阴。
由此可见，伤寒与温病在治法上也是大相径庭的。凉、寒、咸等，均属于水之气味，故分别用以清温邪救阴津(精)，这是吴瑭治疗温热病的最大特色，所以他说：“若有能识得伤寒，断不致疑麻桂之法不可用；若真能识得温病，断不致疑辛温治伤寒之法治温病。”(《温病条辨·凡例》)因此，寒热水火阴阳乃是吴氏认识伤寒和温病的根本纲领，其三焦辨证论治纲领的阐发和清热养阴治则的确立，都离不开这个基本认识。
(三)创立温病三焦辨治的大纲大法
吴瑭在继承前人经验的基础上，根据《灵枢经·营卫生会篇》、《难经·第三十一难》的三焦分部以及刘河间“三焦分治”的理论，认为温病的病机是从三焦而变化的，辨证论治必从河间三焦立论，并将叶桂“温邪上受，首先犯肺，逆传心包。肺主气，属卫；心主血，属营。辨卫气营血，虽与伤寒同，若论治法则与伤寒大异”的精神贯穿在他的三焦辨治说中，成为其学术思想的核心。
吴瑭在《温病条辨》中，将风温、温热、温毒、冬温、暑温、伏暑、湿温、秋燥等外感热病以及疟、痢、疸、痹等病的证治，分别列于上焦、中焦、下焦三篇中进行讨论。全书立法265条，附方208首。对于温病的治疗，提出“治上焦如羽，非轻不举；治中焦如衡，非平不安，治下焦如权，非重不沉”(《温病条辨·治病法论》)的治疗原则，从而创立了温病的三焦辨证论治纲领。
1.三焦传变的过程吴氏认为，温热邪气从口鼻而入，鼻通肺，口通胃，逆传就传之于心包，肺与心包都是上焦，即温邪上受，首先犯肺，逆传心包。若温热邪气在上焦没有得到控制，或者治疗不得法，就要传入中焦脾与胃。若邪在中焦没有得到控制，就要传至下焦肝与肾，因此他说温热病的传变始于上焦而终于下焦，这就是他对温病三焦传变全过程的认识。他说：“温病从口鼻而人，鼻气通于肺，口气通于胃，肺病逆传则为心包。上焦病不治，则传中焦胃与脾也。中焦病不治，则传下焦肝与肾也。始上焦，终下焦。”(《温病条辨·卷二》)
由此看来，吴瑭将温病发生发展变化的机制概括在三焦所属脏腑的范围内，并认为病在上焦包括了卫分病变，病在中焦包括了气分病变，病在下焦包括了血分病变，而营分的病变三焦都可能波及到。病在上焦可以逆传人营，所以温邪逆传在上焦就可以出现神昏、谵语的情况；病在中焦气分可以入营，所以阳明温病多见斑疹；病在下焦血分，邪是通过营分而来的。
2.三焦传变的特征吴鞠通认为，上焦、中焦、下焦温病传变的特征各不相同，现略述如下。
温热邪气在上焦，病位属心与肺，即手太阴肺与手厥阴心包的病变，主要表现为温病在卫分的证候特征。吴氏在《温病条辨·上焦篇》原文第二条中说：“凡病温者，始于上焦，在手太阴。”温热邪气从口鼻而入，然鼻气通于肺，肺主气属卫，与皮毛相合，卫气被郁，开合失司，肺气失宣，故可见发热、微恶风寒、头痛、咳嗽、口微渴、苔薄白、舌边尖红、脉浮数等肺卫证，治当轻清宣透、驱邪外出。如表邪入里，邪热壅肺，肺气郁闭，则见身热、汗出、口渴、咳嗽、气喘、苔黄、脉数等证，治当清泄肺热。邪在于肺，多为疾病的初起阶段，吴氏指出：“治上焦如羽，非轻不举。”这是治疗上焦温病的基本大法。温热邪气盛，肺与心包毗邻，所以邪可直接地逆传入营分，如平素阴虚有热或湿热者，则易出现肺病逆传，内陷心包，窍机闭阻，而见舌质红绛、神昏谵语或昏愦不语、舌謇肢厥等症，病情转为危重，治当轻清开窍。
中焦温病，病位属脾与胃，主要是足阳明胃、手阳明大肠和足太阴脾的病变。有两种类型，一种是温邪从卫分传到气分而热积于肠胃，即阳明温病，吴氏说：“面目俱赤，语声重浊，呼吸俱粗，大便闭，小便涩，舌苔老黄，甚则黑有芒刺，但恶热，不恶寒，日晡益甚者，传至中焦，阳明温病也。脉浮洪躁甚者，白虎汤主之；脉沉数有力，甚则脉体反小而实者，大承气汤主之。”(《温病条辨·卷二》)可见，温病传入阳明，无外乎为阳明无形热盛或有形热结。另一种是湿热之邪交蒸，蕴积于足太阴脾，即太阴温病，临床见身热不扬，有汗不解，脘痞身重，便溏尿浊，苔腻脉濡等症，治当燥湿化浊。由此可见，中焦温病有阳明温病与太阴温病之分，但其病变机制均为温邪由上焦渐次侵入中焦，脾胃升降出入平衡受损，其入益深，其热益重，属于温病的极期阶段。治疗必须清热攻实，祛除湿邪，以调整恢复脾胃功能，务使脾胃相和，阴阳互济，达到平衡，此即吴氏所谓“治中焦如衡，非平不安”之意。
下焦温病，病位属肝与肾，主要是足少阴肾和足厥阴肝的病变，临床表现为身热面赤，进而口干舌燥，齿黑唇裂，甚至心中震震，舌强神昏，手指自觉蠕动等。此乃温病久延不解，由上中焦传到下焦，热邪深入，真阴欲竭，壮火复炽，属于温病的重笃阶段。非厚味滋填、重镇潜匿，难疗此疾，用如黄连阿胶汤、加减复脉汤、大小定风珠等，故吴氏指出：“治下焦如权，非重不沉。”
三焦辨证虽然依上、中、下次第传变，但并非绝对如此。如：“手太阴暑温，发汗后，暑证悉减，但头微胀，目不了了，余邪不解者，清络饮主之。”(《温病条辨·卷一》)就是邪气轻微，在上焦欲自解之候，不必一定传于中、下焦。又如：“温病三焦俱急，大热大渴，舌燥，脉不浮而躁甚，舌色金黄，痰涎壅甚，不可单行承气者，承气合小陷胸汤主之。”(《温病条辨·卷二》)即是上焦之邪仍在，又侵及中焦阳明，大热大渴、脉躁舌焦、燥热之极，竟同时煎熬下焦肾水，故用小陷胸汤合承气汤，尽除上、中、下三焦之热邪，使之一齐俱出，这又是三焦俱病的情况。
此外，吴氏在以三焦辨识温病的危重证候方面，也很有见解，他说：“细按温病死状百端，大纲不越五条。在上焦有二：一曰肺之化源绝者死；二曰心神内闭，内闭外脱者死。在中焦亦有二：一曰阳明太实，土克水者死；二曰脾郁发黄，黄极则诸窍为闭秽浊塞窍者死。在下焦则无非热邪深入，消炼津液，涸尽而死也。”(《温病条辨·卷一》)这些都是值得我们重视的。
总之，三焦辨证是在六经辨证的基础上，结合三焦命名病证，事实上三焦辨证与六经辨证是不可分割的。正如吴氏所谓：“《伤寒论》六经由表入里，由浅及深，须横看；本论论三焦，由上及下，亦由浅入深，须竖看，与《伤寒论》为对待文字，有一纵一横之妙。”(《温病条辨·凡例》)实际上，人体经络脏腑错综交织，无论从生理、病理或病邪侵袭来说都是不能以横竖来割裂的。同时，三焦辨证与叶桂之卫气营血辨证亦有密切的联系，其上焦温病，即与叶氏“温邪上受，首先犯肺，逆传心包”诸证相合，中焦病与气分证，下焦病与营血分证相类。吴鞠通辨识证候时，亦常采用叶氏提法，如“邪在气分”、“热搏血分”等。可见，吴氏的三焦辨证，本属叶天士卫、气、营、血辨证之余绪。因此，三焦辨证的阐述，充实了六经辨证和卫气营血辨证，扩展了温热病的辨证论治方法。
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