30多年，方药中在培养中医和西医学习中医高级人材方面，倾注了大量心血；在中医理论的研究方面，取得了重大成就。50年代，毛泽东主席关于西医学习中医的指示发表后，很快掀起了西医学习中医的高潮。中医出身、又系统学过西医的方药中，当然是理想的教师。1958年开始，他以极大的热忱投入了这一工作。除了在两年制的本院举办的西医学习中医班主讲内经、内科、方剂以及《伤寒论》、《金匮要略》的部分专题之外，共承担了北京10个单位的西学中班教学。白天、晚上甚至星期日都排满了课。虽然很辛苦，但是他感到欣慰，他从未停止过教书育人。多年来，他参加创建并长期主持全国中医研究班、中医研究院（今中国中医研究院）研究生部的工作。作为中医首批硕士和博士研究生指导教师，先后直接承担了40多名硕士和博士研究生的指导教师。经他培养的中医或中西医高级人材，许多早已成为学科带头人和著名专家。
在教书育人的同时，方药中着力于中医基础理论的研究工作。从50年代起，方药中曾多次著文论述中医具有其理论与治疗体系，力主中医工作和中医学的发展应遵循中医固有理论体系。但是，中医理论体系的内涵究竟是什么？一直缺乏明确的表述。为此，他发表了《论中医理论体系的基本内涵及其产生的物质基础》一文，首次全面、系统、明确地阐述了中医学理论体系的基本内涵。他认为，中医学的指导思想是整体恒动观；中医学的理论基础是气化论；中医学对人体生理和病理生理的认识是藏象论；中医学对病因和发病的认识是正邪论；中医学对病机的认识是求属论；中医学对疾病诊断和治疗的主要方法和持色是辨证论治；中医学的说理工具是阴阳五行学说；中医理论体系产生的物质基础是“候之所始，道之所生”，即中医理论产生于古人对气候、物候、病候的实际观测和经验总结。这8个方面，有机地构成了中医学的理论体系并一直有效地指导着中医的临床。