傅青主出身于官宦书香之家，家学颇有渊源，其祖上连续七八代有治诸子或《左传》《汉书》卓然成家者。曾祖傅朝宣曾为宁化府仪宾、承务郎；祖父傅霖曾任山东参议、辽海兵备，颇有政绩；其父傅子谟终生不仕，精于治学。在这样一个家学渊源的环境下，傅青主自小受到了严格的教育。傅青主小时候是读书过目不忘的神童，成年后步入仕途，一路顺风顺水，20岁时就小有成就，成了一名廪生。
傅青主步入中医之途，可能与当年妻子去世有关。傅青主22岁时娶了妻子张氏。张氏出身于书香门第，知书达理，信奉佛教。二人虽是包办婚姻，却过得恩爱无比，羡煞旁人，还生有一子，可谓人生美满。但好景不长，没过几年张氏病了，经医生诊治后没有任何好转，不久就去世了。傅青主曾写下这样的诗句：“佛恩亦何在？在尔早死也。”妻子一生善良，又信奉佛教，可是佛祖的恩典在什么地方？妻子的病逝对傅青主来说是人生的巨大打击。此后，傅青主终生未再娶妻，潜心研究医学，终成一代名医。
在外出游历期间，他还向许多医家和懂医的道士学习，并广泛搜集药方，以医济世。他曾在太原三桥街设立“卫生馆”，医名远扬四方。傅青主不仅医术高超，而且医德高尚。贫穷病人请他看病，哪怕是山高路远，他也立即出诊，而且不要酬金，还免费送药。
傅青主在年近80岁时，与其相依为命的爱子傅眉竟先他而逝。经受不住晚年丧子的巨大悲痛和打击，傅青主在数月后也溘然辞世。傅青主下葬时，仍然身穿朱衣。有数千人参加了他的葬礼。