1.提倡“三边”、“三间”取穴法
杨甲三对腧穴的取穴方法积累了丰富的经验，他提出腧穴分布有纵横两个方面的坐标定位。纵向定位通常是根据骨度分寸这一针灸界所熟悉的取穴定位方法，而对于横向定位，杨甲三教授将其规律概括为“三边”、“三间”，所谓“三边”是指骨边、筋边、肉边；所谓“三间”，是指骨间、筋间、肉间，此外还有筋骨间、筋肉间等。
2.独具特色的进针及补泻手法
杨甲三提倡毫针单手进针法，在进针时，将右手五指进行了巧妙的分工，以拇指、食指捏持针柄（使用长针时捏持针身），无名指、小指夹持针身，中指充当“弹努爪切”之功，形成了独特的毫针单手进针方法，而左手完全被解放出来，可以持针多枚备用。
杨甲三形成了自己的针刺补泻风格，他将补泻方法及刺激轻重精辟地总结为“搓紧固定加震动，推内搓左随补功；动退搓右迎提泻，刺激妙在强弱中” 。它的特点是将捻转搓紧与震动固定相结合，以慎守经气，使气至病所。
3.注重五输穴的应用，辨证配穴
杨甲三在深入研究五输穴特点的基础上，主张将五输穴的主治作用与五脏病机统一起来，加以辨证运用。即在经络学说的指导下，通过先定其经，次选其穴，后行补泻的次序，初步形成一种“专病、专经、专穴、专法”的诊治方法。这种诊治特点是把“经脉所过，主治所及”的取穴治疗原则与五腧穴所具有的特定主治作用结合起来，以经脉病证纵向定位，以五腧穴的主治横向定位，扩大了五腧穴的主治范围，提高了针灸的疗效级领导人治愈顽疾,为祖国赢得了声誉。