周筱斋祖父周敬庵曾在南通行医，擅长内科、外科，并设“松寿堂”中药铺，为医、为药在当地皆有名气。周筱斋自幼耳濡目染，6岁时进入马塘邓承武私塾读书，学文的同时兼读医籍。13岁那年，祖父母相继去世，家境日渐萧条，所开的“松寿堂”中药铺也因经营不善而关闭。周筱斋失学了，母亲也弃他而去，通过严氏堂姑母的介绍，到堂叔设在马塘的“大德堂”药号半工半读，1921年，23岁的周筱斋受聘于马塘镇“济生会”施医之席，正式设案应诊。不久，周筱斋遵照当局的中医师条例，取得了法定中医师资格，并被选为如皋县中医公会评议员。1924年，周筱斋在马塘镇的王家院子自设诊所行医，一干就是23年。
在马塘行医的26年中，温病类、疫痢、疫疟、伤寒、猩红热、登革热、霍乱等疾病曾相继在当地流行。如1928年的疫痢，1936年的疫疟，1939年的红痧热（登革热），1946年的霍乱。其中尤以1939年疫疟灾情最为严重，死亡达数千人。周筱斋凭藉其深厚的中医功底和丰富的临床经验，治愈了许多病人。1947年，为避战乱，周筱斋迁居到南通市，在寺街二号设诊所行医。1948年春，正遇到麻疹、天花流行，经周筱斋诊治的百余例病人均经治痊愈，仅有一人痘陷不发，未能挽救，被人们视为奇迹。
到南通之后，周筱斋的医学生涯开始步入坦途。他在行医的同时，还兼任南通中医专科学校的讲师，传道授业。1949年，他任南通市医学研究会理事、中医学研究委员会副主任。1950年当选南通市人民代表大会代表，任南通市卫生建设委员会主任、南通市居民工作委员会委员。
1951年，周筱斋在南通市中医进修学校进修一年，经过考试，以优异的成绩第一批获得了国家卫生部颁发的中医证书。与此同时，他担任了南通市卫生委员会委员、城中区卫生委员会副主任、南通市中医师公会委员等职务。1952年被南通市政府评为医务卫生工作者模范。1953年当选南通市卫生工作者协会副主任，1954年任南通市国药整理委员会委员、中华医学会南通分会学术交流委员会委员。
上世纪五十年代初，为发展中医事业，筹建江苏省中医院、江苏省中医进修学校（南京中医药大学的前身），江苏省政府从全省调集一批名中医到南京。1954年，周筱斋为此应聘到南京工作，积极投身中医事业。不久，他服从工作需要，由熟谙的临床岗位转到他认为对中医发展更有意义的中医高等教育事业，参加江苏省中医进修学校和南京中医学院的筹建工作。他全身心投入到中医教育事业之中。先后组建了医史、方药、金匮、各家学说等教研室。1956年6月，周筱斋加入了中国共产党。1958年，他作为江苏省科技工作者的代表，出席了全国科技大会，在北京怀仁堂受到党和国家领导人刘少奇、周恩来同志的接见。1959年，被评为南京中医学院先进工作者，1960年被评为江苏省文教卫生系统先进工作者，并出席省市群英会。
1959年到1965年，周筱斋先后担任南京中医学院医史、各家学说、中药、方剂、金匮等教研组的组长和药物研究室主任，开设了“祖国医学史”、“方药”、“各家学说”等多门课程。同时作为教材编写组成员，负责全校教材的编写和教学大纲的制订。主持编写了新中国成立后全国第一部较为完整的医学史讲义——《祖国医学史讲义》、全国中医院校第一版《方剂学讲义》和《中医学概论》等高等中医教材。主编了厦门大学的函授教材《方剂学讲义》，还参加了《中医学概论》等教材的编写和审定工作。他为中医高等教育事业的开拓和发展，披肝沥胆，呕心沥血，殚精竭虑，躬身而行。
1966年到1969年，周筱斋被错误地当作“牛鬼蛇神”和“反动学术权威”，遭到重点批斗，并被关进牛棚进行劳动改造。在此期间，周筱斋遭受迫害，受尽屈辱。但他仍然坚定信念，写下“立定脚跟竖起脊，展开眼界放平心”的诗句，以表白心声。
1970年，年逾古稀的周筱斋重新出来工作，任江苏新医学院中西医结合教研室中医顾问，同时在江苏省中医院和双闸医院应诊。自1978年开始，周筱斋在南京中医学院文献研究所担任副教授、教授，并承担硕士研究生的指导工作，直到1988年，九十高龄的周筱斋才正式退休。