关于孔伯华的学术经验，他的三子孔嗣伯曾在《中医杂志》1962年7——8号中介绍过，现摘要于下：
他认为中医在临床上不仅是单纯的看其局部的病，而且应该照顾到病人的整体，特别强调“元气”。辨证论治全凭纲要。纲者：两纲，曰阴、曰阳；要者：六要，曰表、里、寒、热、虚、实。“两纲六要”，不能平列。在治学方面，首先应熟读《内经》，参悟经旨，不泥于古，抱着实事求是的客观态度。在诊断方面，脉贵于神，意在匀和。在病机方面，在正气受伤的原因中，他首先强调脾为后天之本，以及脾胃与肝的关系，尤其重视肝脾关系，主张脾胃有病必系肝，肝病必系于脾胃。临证注意脾湿和肝热。在外感温热病方面，认为人体内的郁热伏气（久郁之热和潜伏之气）是感受温热病的主因。
他擅用石膏，是从躁、渴、喘、呕四处着眼，在他的著作《时斋医话》中讲述很详：“诸石膏之疗能，其体重能泻胃火，其气轻能解表肌（解表清热），生津液，除烦渴，退热疗斑（皮肤上出的小红点成片就叫斑），宣散外感温邪之实热，使从毛孔透出。其性之凉并不寒于其他凉药，但其解热之效，远较其他凉药而过之。治伤寒之头痛如裂、壮热如火，尤为特效，并能缓脾益气，邪热去，脾得缓而元气回；催通乳汁，阳燥润，孔道滋而涌泉出；又能用于外科，治疗疡之溃烂化腐生肌；用于口腔而治口舌糜烂；胃热肺热之发斑发疹更属要药。”
民间因他善用石膏，有“石膏孔”的称誉。又善用鲜药，如鲜藿香、鲜佩兰、鲜薄荷、鲜藕、鲜荷叶等，取其芳香清轻，清灵通窍，除秽透达。
1929年汪精卫任国民党政府行政院长时，曾明令废止中医。这一反动政策，立即激起中医界的极大公愤。各地推出代表齐集上海进行抗议，成立了“全国医药团体联合会”，进行斗争。孔伯华先生被推为临时主席，全国舆论支持，使反动当局不得不收回成命，并被迫同意成立国医馆。1955年孔伯华逝世，敬爱的周恩来总理亲任治丧委员会主任，并亲临他的寓所吊唁。
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