时振声在学术研究方面，由于他深入实践，善于思索，对问题的探求总是细致入微，反复比较，深得其中要领。所提出的看法，不落俗套，从不人云亦云，而是在实践中进一步深化其理论。例如，对于外感热病，历来主张寒温汇通，认为两者的对象是一致的，都是急性传染性或感染性疾病，只不过初起时所表现的证侯有偏寒、偏热之不同而已，以后的转归和经过大致相同。由于古人未能明确地分辨各种传染病和感染性疾病的不同经过，故认为开始为太阳病阶段，以后有的是太阳传至阳明，有的是太阳传至少阳，有的是太阳直接传至太阴或少阴或厥阴。虽然所用六经辨证与卫气营血辨证不同，但实质是一致的，故他有六经辨证与卫气营血、三焦辨证同一性之论。
他主张辨病与辨证相结合，尤应重视证的动态变化，这是他的又一学术思想。他认为不论传染病或感染性疾病及内科杂病的治疗都应采取辨病与辨证相结合的方法，每种病都有其特殊性，而证是一般性的，根据病的发展规律，证也在不断地变化之中，因此辨证论治只有重视证的动态变化，才能体现治疗个体化的特点，体现中医论治的优势。如在诊治慢性肾炎中认为该病的病程虽然很长，但也同样有证型的转化，脾肾气虚或肝肾阴虚都可以转化为气阴两虚，并于1980年首先提出这一证型的机理和证治，尔后愈来愈多地得到了同道们的一致公认。
在慢性病的治疗中，时振声强调要把握正邪关系，特别是正虚邪实比较明显的疾病。如慢性肾衰，在病情稳定时应以扶正为主，但也要兼顾邪实；在邪实突出时，则当以祛邪为首务。慢性肾衰的邪实，在多数情况下，属于可逆性的加剧因素，如感染、心衰、血容量不足、电解质紊乱等，控制这些因素，常可以使病情转危为安，趋于稳定。
他还强调治疗急性病要防其转变。其含义有二：一是早期治疗，免生变证；二是预护其虚。这在急性热病的治疗中有重要的意义，可以控制感染，预防合并症，促使早日恢复健康。在治疗慢性病中，由于五脏相关，“虚邪之至，害必归阴，五脏之伤，穷必及肾”，故强调慢性病宜从肾论治，可以获得较好疗效。如所治一氧化碳中毒性脑病、运动神经原疾病，常以补肾活血而获愈；所治老年慢性哮喘性支气管炎，常以补肾纳气而取效；所治慢性溃疡性结肠炎、肠功能紊乱经久不愈者，常以补肾固涩而取效；所治老年前列腺肥大，常以补肾通利而奏效；所治慢性肾炎则更多采用补肾法 ( 温肾利水、温肾健脾、滋肾清利、滋肾平肝、滋肾益气、滋肾清热等等 ) 均取得了明显效果。
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