姚正平以命门——三焦气化学说指导肾炎水肿的治疗颇有创见。他认为命门之火是三焦气化的原动力，命门火衰必然导致三焦气化不利。三焦之气不化进而引起水液代谢障碍，从而形成痰、饮、湿、肿、臌、胀等多种病证，肾炎水肿只是其中之一。虽然外感风寒、疮疡湿毒、饮食劳倦、房劳过度等均可诱发肾炎水肿，但命门火衰所致三焦气化不利是产生水肿的根本原因。此外，他还非常强调脏腑功能失调以及人体阴阳气血失调在肾炎各个发病阶段中的意义。
对于心肌梗死患者的救治，姚正平善于补泻同用。他认为冠心病、急性“心梗”属虚实夹杂，进而提出“内虚之本在心肺肾，病变制约在肝脾”的论点。当“心梗”发作时，气血逆乱造成气滞血瘀。病及肺时，可出现肺气壅塞，统率无权，升降失司，呼吸喘促似心衰的症象。病及肾时，可出现肾不纳气，真阳亏损，阴不敛阳，心阳外越，似休克的症象。病及肝时，可导致肝阴不足，肝阳上亢，肝风内动，心神不守而出现心律失常，甚或抽搐、昏迷等心脑综合症；病及脾时，可导致脾胃升降失常，出现湿浊内阻证或阳明腑实证。
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