李中梓在医疗上注重脾肾治理，江苏金坛有一名医王宇泰，年已八十，患脾泄，根据一般医理，泄病宜补，岂知愈补病势愈重，他便求教于中梓，中梓问明病源后对他说：“你体肥多痰，愈补愈滞，病当然不会好了。应反其常规，用迅利药荡涤之。”于是用巴豆霜给老医生服用，果然泄下许多痰涏，病也就好了。
一次，一人患伤寒，病逾5日，泄泻不止，心中烦乱不安，两目上视，遍服各种止泻药皆不见效。病家请李中梓诊治。李中梓诊脉后说，患者寸、关、尺三部脉沉数，切按其腹，有结粪，用大黄、厚朴、枳实3味药治疗，且大黄量加倍使用。患者服泻药后，连续拉了2次，慢慢地泄泻便止住了，心中烦乱也渐渐消失。患者腹泻，医生止泻，这是理所当然的，为什么李中梓反而用泻药呢？
原来，这种奇特的治法在中医学中叫作“反治法”。两千多年前的中医典籍《黄帝内经》中提出的“塞因塞用，通因通用”，便是反治法的具体应用。若此时止泻，积秽未去，患者更觉腹胀，甚至会酿成严重后果。同时，腹胀最常见的病因是饮食过多，若给患者吃些消导药，排出腹内积气、食滞，腹胀便会减轻，这是常法。但腹胀若由于中气下陷所致，就不能用消导药，而要用补气升提药，这叫作“塞因塞用”。
他注重实践，不墨守成规，在实践中总结经验，对各种疑难杂病很有研究，时人称为神医。有个叫鲁藩的人，得了一种怪病，在盛暑的大热天，虽将房门紧闭，床上悬挂帐帷，身上又盖上三重貂皮被，还不断地喊冷。李中梓观察病情后，诊为“伏热病”。古人用“传水灌项法”治疗，中梓变通一下，改服石膏三斛汤，他开了三帖药，第一帖服下，病人去掉貂皮被；第二帖服下，病人让去掉帐帷；第三帖服下，病人又叫将门窗打开，只见他大汗淋漓，热气蒸腾，毛病痊愈。还有个姓鞠的人，也得了一种怪病，发病时，伴有高热，在胡言乱语中，竟能说出室外所发生的事情，屡试屡验，经李中梓观察后，诊为“离魂”病。施药后，高热消退，呓语中止，恢复了清醒的状态，不久，病症消失。