1.在中医教育学上：开创和建立了两门中医经典学科教育。
其一，在全国中医界开创和建立了中医经典《金匮要略》现代学科的教育。
李今庸教授是全国中医本科教育中，最早开设《金匮》课程和自编《金匮》教材的专家，1963年，他主持编写了全国第二版中医教材的《金匮要略讲义》，属我国早期《金匮》学科的主要带头人。 
其二，对《黄帝内经》的杰出贡献
李今庸教授是当代《黄帝内经》学科研究的著名专家。他创建和发展了湖北中医药大学中医经典理论《黄帝内经》现代学科教育（包括中医基础学科的建立）。以辩证历史唯物主义思想方法，运用考据学原理，对《黄帝内经》的医理进行了系统而全面的考证，解决了历来存在的大量疑难问题；对《黄帝内经》中医基本理论和学术思想，给予了正确阐明，并提出了许多的见解。其研究成果已被多版《内经》教材引用，并为古籍研究所采纳。
2.在中医科研上：其一，在全国中医界首创治经法研究中医药古典医籍，即以校勘学、训诂学、音韵学、古文字学、方言学、历史学、考古学以及避讳知识等结合中医理论和临床医疗实践经验研究中医药学古医籍和中医经典理论；其二，研究成果即对古典医籍包括有四部经典著作和古医籍以及先秦两汉著作有关中医药学资料等在内共计24余部古书，其研究的千古疑难问题多达数百处。
3.在临床医疗活动上：其一，形成完整的临床医学指导思想即坚持辩证历史唯物主义思想指导下的"辨证论治"；其二，独创个人的临床医疗经验病证证型治疗分类约140余种。