潘澄濂1910年11月出生于浙江省温州市一个普通工人家庭，7岁就读于温州十狮附小，小学毕业后，就读于上海市南洋中学。其故乡温州，地处东南沿海，常有急性热病发生，当地名医于此多有经验，深受敬慕。受此影响，潘澄濂中学毕业后，便选择了中医这一高尚的职业，进入了上海中医专门学校学习。在丁甘仁、谢利恒、曹颖甫等名师指导下，他对《内经》、《伤寒论》、《金匮要略》、《温热经纬》及《神农本草经》等进行了系统的学习。其他如妇、儿、外、喉等科，以《医宗金鉴》为教材，自行修读。此外，还广泛阅读了《东垣十书》、《河间六书》、《丹溪心法》、《景岳全书》、《徐灵胎医书十六种》等医著，对中医知识有全面的积累。
就读期间，西医在中国已有较快发展，对传统医学冲击很大。中西之界，划著鸿沟，中西论争，日趋激化。在此氛围中，他一面沉浸于中医海洋之中，撷取精华，以为根本，一面挤时间去西医学院旁听学习西医知识，进行解剖、生理、病理实验。嗣后又阅读了日本和田启十郎的《医界之铁锥》、汤本求真的《皇汉医学》、松园渡边熙的《和汉医学》等书。和田启十郎在日本明治维新后汉医学遭受摧残的岁月里，披沥汉医之真髓，奋臂疾呼，力挽几倒之狂澜的精神，给了他极大的鼓舞。于是他钻研中医之志弥坚，中西兼收，各取所长，为后来能取得突出的成就打下了坚实的基础。
毕业后，年仅20岁的潘澄濂踌躇满志，回温州办起了诊所，同时还参加了某医务所的工作，所中设有病床40多张，收有伤寒、疟疾、痢疾、肺炎、肺结核、肾炎、溃疡病、肝硬变等各种急慢性病例，除用西医药抢救外，其余大都采用中医治疗，使他能对多种疾病进行系统观察诊治，应诊能力很快提高。
1938年春，他到了上海，在上海中医学院、上海中国医学院任教，同时为人治病。诊治中他善于总结，颇多真知。他常说，中医诊治，通过四诊的方法，识证辨性是提高疗效之关键。他曾治疗两例同因入浴而发生的腹痛，一例系气机阻滞，兼有宿食之实证，方用大柴胡汤加减，一剂即便解痛减；一例系劳顿过度，寒气入中，亡阳欲脱之虚证，投参附汤加味，一服后汗敛肢温，腹痛若失。两例同为腹痛，都发生在入浴之时，他从识证中辨其虚实，采用截然不同的两法，而收桴鼓之效。
1956年6月，浙江筹建中医研究所，他被邀到杭州，负责组建工作。在他和同道的努力下，浙江省中医药研究所于
1958年7月正式成立。他十分重视科学实验研究，亲自制定了乙型脑炎、肝炎、铅中毒、白血病及晚期血吸虫病等项目的科研计划，从科研设计到观察病例、论文总结，均亲自参加。1958年，他带领科研人员以温病理论为指导，对全省700余例乙型脑炎的疗效进行了总结，获得了卫生部的好评。他以运中分消法、化瘀软坚法治疗晚期血吸虫病腹水、巨脾症，疗效达85%，为脾切除术提供了条件；以扶正祛邪法、配合化疗，治疗急性白血病，明显地提高了缓解率。他十分重视临床实践，在他的主持下，研究所于1976年成立了门诊部，配备了先进仪器，使研究人员得到了锻炼，提高了科研素质。