汪机一生究心医学，撰写医学著作，直至古稀之年，仍刻意钻研，握笔不辍。其中影响较大者，首推《石山医案》。此为门人陈桷“取机诸弟子所记机治疗效益，裒为一集”，全书3卷，尤其是《营卫论》一篇，提出了固定培元学说，奠定了新安医学流派的理论基础。
汪机在学术上，既受金、元各家影响，又不拘一格。其著作最显著的特点，是善于汇集各家之说，在阐发中医基础理论方面有独到的见解，由此也奠定了汪机一代名医和新安医学奠基人的位置。
汪机在《针灸问对》一书中，对针灸医生中的某些保守做法和某些医生施行针术时的草率作风，作了批评。汪氏诊病较为仔细，对病人高度负责，正因为如此，汪氏在当时医疗条件下就能观察到瘢痕对经气传导所具有的隔阻效应，所以他对主张瘢痕灸来预防疾病、强身健体的方法提出了大胆的疑问。并且对于头部和眼部，汪氏也反对施灸。
汪机对诸多针灸学的理论和实践问题，都能做到直言不讳地提出自己的观点和主张，反对人云亦云，具有开拓精神。这样做的本身，就是对针灸学理论的继承和发展，又给针灸学增添新的内容和活力，对后世的影响很大。
汪机致力于发扬光大营卫理论，创建“固本培元”流派。他把朱丹溪和李东垣的学术思想融为一炉，创造了“营卫论”这一中医著名理论。并根据自己四十余年的临床经验，总结出一套用参、芪“补营”的方法和理论。汪机认为营卫二气皆借脾胃水谷而生，脾胃喜温而恶寒，脾胃有伤，非藉甘温之气不能补，参、芪味甘性温，为补脾胃之圣药，脾卫无伤，营卫便有所资，元气有所助，邪则不治而自除。
汪机将“补气即是补阴”的学术见解用于临床实践的辨证论治，提出了“调补气血、固本培元”的治疗思想。“营卫论”“固本培元论”形成了汪机善用参芪的用药特色，形成了后世新安医学家所遵循的“诸病顾护脾胃”的医风。汪机“固本培元”的学术思想实际上就是调摄人体生机阴阳、培护生命元本以康复疾病，这一根本思想和创举对中医学的发展乃至对现代医学研究都具有重要的学术价值。