清朝前期，社会经济发展，国力鼎盛，宫廷医学也达到顶峰阶段。乾隆四年（1739），乾隆帝为标榜文治，诏令太医院编纂医书，“以正医学”。由大学士鄂尔泰和亲王弘昼督办，任命御医吴谦、刘裕铎担任总修官（相当于主编），陈止敬担任该书的经理提调官。为保证医书的质量，选派有真知灼见、精通医学、兼通文理的学者共同编纂，设纂修官14人，副纂修官12人，此外，还有审效官、誊录官等人员，共70余人参加了编写工作。作为总修官，吴谦认为，医经典籍以及历代各家医书，存在着“词奥难明、传写错误、或博而不精、或杂而不一”等问题，应予以“改正注释，分别诸家是非”。因而，编撰中，不仅选用了皇宫内廷所收藏的医书，并由朝廷颁布命令，广泛征集天下新旧医籍、家藏秘籍和世传良方，进行“分门别类，删剔驳杂，采撷精华，发其余蕴，补其未备”，汇编为医学丛书。至乾隆七年（1742）成书，乾隆帝大悦，赐名为《御纂医宗金鉴》。
《医宗金鉴》是清代御制钦定的一部综合性医书，全书90卷，是我国综合性中医医书最完善简要的一种。吴谦为《医宗金鉴》的成书做出了重要贡献。古代医书多是有法无方，到《伤寒论》和《金匮要略》才有系统的理、法、方、药。《黄帝内经》义理深奥，方法微妙，不易领会，因而多易致成讹错，以前的注释大多是随文衍义，很难让人深入理解原文以及在临证时运用原文。因此，吴谦就亲自进行删订。吴谦崇尚仲景学说，在撰著《医宗金鉴》时，他参考引用清乾隆以前研究《伤寒论》、《金匮要略》的20余位医家的著述，对这二部经典著作的原文逐条加以注释，汇集诸注家之阐发，撰成《订正仲景全书·伤寒论注》17卷、《订正仲景全书？金匮要略注》8卷，列为《医宗金鉴》全书之首。
《医宗金鉴》内容极为丰富，采集了上自春秋战国，下至明清的历代名著之精义，其内容包括内、外、妇、儿、针灸、伤科、眼科等临床各科，还有诊断和方剂学等基础理论的内容。本书注重于实用，深入浅出，并且图、文、方、论齐备，简明者可作为初学诵读用；详尽者可作为医生临床诊治疾病时的参考用，是我国第一部带有教材性质的普及性医学丛书。1742年，《医宗金鉴》以武英殿聚珍本与尊经阁刻本印行，在全国推广，深受欢迎，影响巨大；自1749年起，清太医院将《医宗金鉴》定为医学生教科书，逐步成为全国医学教学标准。