在中医学校的5年里，罗元恺勤奋学习，诵读了内、难、伤寒、金匮、本草、温病等经典著作，对中医学有了深入的理解。他与同班十位同学组成“克明医学会”，共同研讨学习中的疑难，撰写医学论文，以互相交流启发。其后还出版了《克明医刊》。
经5年的研修与临床实习，1935年罗元恺以总成绩第一毕业，并留任该校附属的广东中医院任住院医师。先后在门诊及病房诊治病人，以内科为主，兼顾妇、儿科。
从1935年至1938年末，他在医院遇到并处理了各种疑难重症，为其临床诊疗打下了牢固的基础。
1938年10月，日军在广东大亚湾登陆，直逼广州。广东中医院被迫停业疏散。罗元恺与家人离开广州，返回故乡南海县。一个月后，日军继续进犯南海县，他乃转道香港，行医谋生。
1939年，其母校迁至香港授课，他受聘为金匮要略教师。
1941年底香港被日军攻陷，学校再次停办。
罗元恺于1942年初举家辗转前往广东北部之韶关市开业行医，翌年又与母校之校董、校友等共同筹划在韶关复办中医学校。但正当筹备就绪准备开课时，日军又拟进犯韶关，复校之事乃告吹，他又被迫转往广东西北部之山区连县。除在县城开业诊病外，并与当地老中医赵伯平创办了连县中医讲习所（当时政府只准中医学校称讲习所），全部课程均由罗元恺编写讲义及讲授。经两年之努力，已有一个班结业并在当地行医。在抗战期间，虽然颠沛流离，生活艰难，他仍执着于中医教育事业，为培养人才而贡献力量。
1947年秋招生复课，罗元恺回母校任儿科教师。
中华人民共和国建立后，罗元恺积极从事中医教学工作。
1950年4月，36岁的罗元恺就任广东中医药专门学校校长。
从1951年起，还兼任附属广东中医院院长。
1953年8月，广东中医药专门学校被改为广东省中医进修学校，罗元恺被任命为副校长。
1956年，周恩来总理根据毛泽东的指示，在全国筹办4所中医学院，广州是其中之一。是年5月，罗元恺被任命为广州中医学院筹备委员，参与制订规划和选择校址等工作。
1956年9月广州中医学院招生开学，罗元恺兼任学院的金匮要略教研组组长。
1958年任进修部主任兼妇儿科教研组主任、院务委员会委员。
1971年妇儿科分为两个教研室，他继任妇科教研室主任，并作为学科带头人负责妇科的医疗、教学、科研工作。从1980年起任学院副院长、顾问。
中华人民共和国建立以来，罗元恺不仅在事业上有较大的建树和发展，还积极参加了社会政治活动。1951年，他加入了中国民主同盟。1963年当选为第四届广东省人大代表；1978年至1988年连续当选为第五、六、七届全国人大代表。并曾担任中华医学会和中华全国中医学会理事、广东省中医学会副主任委员。他还是国务院学位委员会第一届学科评议组成员、卫生部高等中医药院校教材编审委员会委员，首批中医博士研究生导师。1984年他任团长率广州中医专家代表团访问泰国，1986和1989年出席了第二、三届亚洲中医药学术大会。1989年到香港讲学。