明代，太医院，秩正三品，有院使、院判，下有御医、吏目。生药库、惠民药局各有大使、副使。永乐十九年(1421)迁都北京后，南京仍置太医院、生药库、 惠民药局，员额减少。

太医院的职责有：①为皇宫大臣、外国使者医疗疾病；②医生的晋升与考选；③太医子弟的教育；④药物的采办。

药物管理机关：①御药房， 属于内府，洪武六年(1373)置，嘉靖十五年(1536)改为圣济殿，又设御药库诏御医轮值供事。其职责是辨验药材、检定制剂；验收保管各地贡供的药品。②惠民药局，承袭前制，洪武三年置，地方也有设置，治疗贫病的士兵和平民，但由于管理不善和经费不足，多名存实亡。

清代，太医院，有院使、左右院判，掌医政及医疗，下有御医、吏目、医士、医员(司医疗)；医生、切造生(司加工药剂)等职。历朝员额增减不一。

太医院太医都以所业专科分班侍值。此外也受委承担王公大臣、国外使者、 驸马、军营、监狱、 试场的医疗及辨验药材等工作。太医院职官的升补和告退也有明确的管理规定。

顺治十年(1653)设御药房、隶太医院，管理药物的采办、贮存和配制。侍值内府设东、西御药房，西药房归院使、院判及御医、吏目，分班轮值，东药房则归御医、吏目及医士，分班轮值。

清代无惠民药局的设置，而有地方性的官办社会抚恤 机关，如育婴堂、普济堂、养济院等。清末在资本主义民主的压力下，体制作了革新，民政部内设卫生司，郎中为最高官职、员外郎次之，下有主事、小京 官、医官等职。

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