王仲奇治医治学，遵循早用功、广涉猎、勤实践、贵有恒等原则，博览群书，又一丝不苟，临床数十年，暇时仍不废读。其学术远溯张仲景、孙真人以及诸家之学，近效孙一奎、程杏轩并及叶天士、徐泗溪诸家之书，而于乡先辈吴谦服膺尤深，曾以《医宗金鉴》一书为治医者根应之学，平日辨证立方，论理引经据典，融医治于一炉；遣药则经方时方并用，反映出博采与灵通的治疗特色。
学术观点
一、治病辨证，重经络追本家源
脏腑之表里，气血之周流，无不由经络相沟通。然脏腑之盛衰，气血之逆顺，亦无不与经络相关联，故先生治病辨证，处处以经络为依据，阐发脏腑气血的病变机理。
如一患者病耳聋，闻声在近茗远，呼吸以口代鼻。先生诊曰：“头者，精明之府；耳者，宗脉所聚；肾主精，主生脑，开窍于耳。肾脏精气有亏，督脉精血不充，脑力亦血虚所致。”又“督脉为阳脉之海，而终于鼻柱素骱；头象天，为诸阳之会。”耳聋此案，先生以督脉辨证，言其分布部位、本经穴名、功能和病状，并与脑相络，与肾相关，责之于肾脏精气亏损，督脉精血不充，脑力亦自虚弱。审因明证，追本家源，而拟益肾家之精气，以安脑和阳法治之。
又如一妇产后晕软、便难、心烦、欠寐、嗳逆、头眩诸症迭见，先生诊为：“热伤营络，胎之失所养而产；产后复热兼旬，任脉之阴被吸，小溲痛苦，难以名状。盖任脉起于少腹以下骨中央，女子入系廷孔也。任脉隶属于肝，任脉既伤，肝藏血，肝阴愈耗，肝气愈横。”“肝为刚脏，诚恐一厥再厥。拟用养肝之血，舒肝之气。”于此案，可知先生见病辨证，循流探源，察标洞本，注意把脏腑、气血的病变与经络联系起来，认定病证的指归，从本论治，而可使刚脏得涵养，木郁得条达。
先生重视经络辨证，非仅以上所举，他如辨治中风、黄疸、蓄血、瘕癖、胀满等，每每从此着眼，无不得心应手。如某患初诊时眩晕，举步浮荡，记忆善忘，语言滞涩，脉濡稍弦。先生诊曰：“肾脉起于心，入眼中，络于舌，”此乃“肾脏精髓有亏，脑力为之不赡，宗脉失所荣养为病。”拟填下强阴法，药用淡苁蓉、金钗石斛、潼沙苑蒺藜、龙骨牡蛎、炙龟版、覆盆子、远志肉、淮牛膝、甘枸杞、金毛狗脊、楮实子等。半月后三诊之时，则精气较复，宗脉渐荣，眩晕己安，步履稳健，语涩较利，记忆稍强。宗原意拟膏方调理补摄之，逾二月渐愈。本案说明中风发病由于内虚，并有经络、脏腑各异，何处有损、何处即当病，故治疗当扶其不足以安脏腑、荣经络而和风阳。先生善于察病机，审气宜，以防喑痱于必然也。
二、酌盈济虚，以升降辅偏救弊
先生认为，“阴阳五行，参伍错综，迭相为用。气有偏胜，故理有扶抑。其问轻重矢余，酌其盈，济其虚，补其偏，救其弊，审察于毫厘之际，批导于却窥之中”。这是先生一贯倡导的基本观点，也是临床经验的科学总结。
所谓“酌盈济虚”，主要是针对“气有偏胜”的病变而采取的扶抑或升降措施。如一郁证患者，先生诊为“清阳失旋，乾纲不振，痰气抑郁作祟而蒙于上，精神为之萎靡，神恍善忘，清窍不宣，心常怦怦然，志意不乐，或呕痰吐酸。”故法当振其乾纲，使清阳复辟，药用灵磁石、旋覆花、西菖蒲、全当归、生白术、野茯苓、桂枝、淡干姜、北细辛、益智仁、法半夏等。郁之为病，证因非仅一端。本案乃病久痰气抑郁所致，故药用苦辛滑润宣通之品，以升清阳，降浊阴，利枢机，从而使“阴贼群小”之痰气抑郁不攻自解，实可谓构思巧，意甚深微。又一如患者形瘦容黄，面浮足肿，脐下少腹膨胀，按之软而不坚，脉濡弦。先生认为“此非实胀”，乃“清阳单薄，脾元委顿，机运不为灵转，气化阻滞不行”使然，方用川桂枝、连皮茯苓、广陈皮、白术、白豆蔻壳、佩兰、川椒目、吴茱萸、桑白皮、路路通等。此案病由咳嗽而来，有病发起处及肿胀之甚部，乃属手太阳肺之治节不利，是太阳脾之清气不升而下溜，虚气留滞，肺脾二脏之气结而不行，故先生并非见胀治胀，而从太阳主治，以温阳、运脾、化气为法，避免了“无物可药而强药之，刘阳愈微，脾愈困”的不良后果，诚为法活机圆矣。
三、药性专长，求辨证切含病情
先生制方遣药，务求切含病情，他赞徐泗溪“药性专长”之说，注意选择具有针对性药物，或以单方参入复方，或时方与经方并用。如治胃病，善用瓜蒌薤白半夏汤合左金丸，取单方力专而厚。因药“各有功能，可以变易血气以除疾病，此药之力也。”犹如劲兵，专走一路，则先以破垒擒王。辨证用之，每服良药。又如治脾胃病及脘腹痛诸疾，先生善用法半夏，取其引阳入阴，升发脾土之阳气，由阳而化阴，以和胃通阴阳。一患者“脘中时或作如饥，食即安适，不食则难过殊甚。或如击伤，夜卧则觉有气串动，忽上忽下，大便溏，嗳气泄气则舒，脉弦滑。”先生诊为“肠胃并病，”治当两顾，药用法半夏、橘红衣、旋覆花、无花果、淮小麦、闵果、生米仁、白豆蔻、野茯苓、炒谷芽、神曲、佩兰等。一诊后“脘中作嘈难过业己舒适，肠府逆气串动亦见平伏。”二诊后病即告愈。这其中与法半夏为君药是有很大关系的。
先生治泄泻，尤喜用蛇含石。如曾在接治程门雪先生用调理脾肾法治疗慢性泄泻的处方上写了批语，“此方可服，再加蛇含石四钱”。原为屡服不效的方子，经仲奇先生分析后仅加药一味，多年的宿疾竟出奇地治愈了，由此程门雪老深慕仲奇医术的精通。
先生的治案中，类似的用药经验很多。如治泄泻，他善用海蛤粉、乌梅肉；治淋浊，擅用川萆（艹解）xie、紫贝齿；治不寐，常用法半夏、龙骨、牡蛎；治痢疾，每用禹余粮、赤石脂、莱菔子；治哮喘，则用甜葶苈、鹅管石、法半夏等等。体现出先生原既注重药性专长，又能辩证立方，原既守法度，又不拘泥的用药风格。
如治脐腹胀闷，体常畏冷，大便秘结之证，谓“小肠回旋叠积，位居于脐腹中，职同变化受盛”，故责之于“脾肾阳困，气不运行，火府亦呆滞不通。”考诸经旨，“以小肠附丽于左尺，则知小肠受盛变化，当基与肾有连常关系也。”故治以温润通法，药用锁阳、红花、全当归、枳壳、火麻仁、石菖蒲、桃仁、砂仁、川楝子、沉香曲、陈大麦等。方中以锁阳为君，补阳气，益精血，利大便。丹溪谓其“虚人大便燥结者，啖之可代苁蓉。”红花、当归、桃仁为血分药，火麻仁润以肾之，治大便秘结；枳壳、沉香为降气之剂，肺与大肠相表里，肺气降则通大便；砂仁青而走窜，川楝子气薄味厚而降，以助锁阳温通达下之旨；菖蒲利窍，彼以通耳目，此则利后阴；陈大麦平凉滑腻，和胃气而化谷食、消胀闷，含病情以资食治。全方配伍精契，真可谓“分观之而无药弗切乎病情，合观之而无方本乎右法。”
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